Ruby on rails 如何将RubyonRails用于科学（如果适用）？

我们研究系统生物学。我们更喜欢使用现有的数据集，因为收集新的生物数据是昂贵的。因此，我们编写的许多脚本只不过是将一个数据集转换成另一个数据集

最终，我们把研究结果放在了网上——越来越多的期刊需要这种东西

所以对我来说，在我的项目中尝试使用Rails并不是一个很大的飞跃。我可以设置易于复制的实验，通过数据库表一步一步地转换数据（例如使用rake），并使用gems和gnuplot显示结果。如果我需要很快运行的东西，我甚至可以在C++中使用自定义GEM，或者使用./P>并行化。 最后，我开始怀疑是否还有其他人在使用Rails进行生物信息学或科学研究

我想，“如果我是一名科学研究专家，我会怎么做？”

---

这样的宝石会有什么额外的特性？也许是迁移到一个可rake的管道中？也许有更高级的绘图功能？内置背景工作？

有关生物信息学，请参见

我同意皮埃尔的观点。我认为bioruby是个合适的地方。许多（大多数？）bioruby用户/开发人员使用rails，使rails成为bioruby项目的自然扩展

下面是不完整的rails bioruby代码列表：

• 在rail应用程序中运行bioruby控制台-

• Ensembl的ActiveRecord（Rails默认ORM）类-bioruby-appendix.rubyforge.org/

• Uniprot db插件-bioruby.g.hatena.ne.jp/nakao_mitsuteru/20070410/Uniprot_on_active_record_插件

• CHADO/Bioruby集成工作-github.com/robsyme/RubyCHADO

---

很抱歉链接混乱，但作为新用户，我只能发布一个链接：（

我以前用过迈克尔·巴顿的。一旦你用ActiveRecord取代DataMapper，它就会很好地工作。

这应该是一个社区维基吗？@Jasper:我没有编辑社区维基的名声，但我很想参与。这对你来说不是一个问题，而是一个对任何路过并有足够代表性的人来说的问题r发布一个社区维基（如果我没弄错的话，如果你是原创海报的话，你可以编辑一个社区维基）。这个想法是你不会因此而名声大噪，而且它通常适用于没有单一答案的问题（或者每个用户都有不同的答案，就像你的案例或明显主观的问题一样）我知道bioruby，但这个问题实际上是关于Rails的。哈！很公平。当时DataMapper似乎是新的热门，所以这是一个让它尝试一下的借口。我想AR总是会得到更多的支持和稳定。