Sed 在特定字符串之间替换字符

我想将两个特定字符串（DP&MQ）之间的每个逗号替换为分号

输入

预期产量

0,0,0,DP=1;1;1;1;MQ=2,2,2

我在DP&MQ前后有不同数量的字段，所以我认为sed是最好的。我不想在DP之前或MQ之后替换逗号。你们谁能帮帮我我知道应该是这样的

sed's/DP=，，，，MQ/DP=somethingMQ/g'

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如果您使用了gnu，请提前感谢：

，这应该适用于您的示例：

sed -r 's/(.*DP=)(.*)(MQ=.*)/echo -n \1;echo -n \2 \|tr "," ";"; echo -n \3/ge' input

用你的例子来测试

kent$  sed -r 's/(.*DP=)(.*)(MQ=.*)/echo -n \1;echo -n \2 \|tr "," ";"; echo -n \3/ge' <<<"0,0,0,DP=1,1,1,1,MQ=2,2,2"
0,0,0,DP=1;1;1;1;MQ=2,2,2

kent$sed-r的/（.*DP=）（.*）（MQ=.*）/echo-n\1；echo-n\2\|tr“，”；echo-n\3/ge'这可能适合您（GNU-sed）：

这个sed习惯用法，标记有问题的字符串（使用换行符），复制标记行，修改字符串，然后将原始行与修改后的字符串组合

字符串的标记可能必须更加具体，即：

sed -r 's/DP=[^=]*MQ=/\n&\n/;h;y/,/;/;G;s/.*\n(.*)\n.*\n(.*)\n.*\n/\2\1/' file

如果只有部分文件可能包含有问题的字符串，请使用：

sed -r '/DP=[^=]*MQ=/{s//\n&\n/;h;y/,/;/;G;s/.*\n(.*)\n.*\n(.*)\n.*\n/\2\1/}' file     

下面的代码将执行以下操作：

awk -F"=" '{OFS="=";gsub(",",";",$2)}1'

测试：

> echo "0,0,0,DP=1,1,1,1,MQ=2,2,2" | awk -F"=" '{OFS="=";gsub(",",";",$2)}1'
0,0,0,DP=1;1;1;1;MQ=2,2,2

> echo "0,0,0,DP=1,1,1,1,MQ=2,2,2" | perl -F"=" -ane '$F[1]=~s/,/;/g;print join "=",@F'
0,0,0,DP=1;1;1;1;MQ=2,2,2

或者您可以使用：

perl -plne '$_=~/DP=(.*)MQ/;$a=$1;$a=~s/,/;/g;$_=~s/(.*DP=).*(MQ.*$)/$1$a$2/g'

测试：

> echo "0,0,0,DP=1,1,1,1,MQ=2,2,2" | perl -plne '$_=~/DP=(.*)MQ/;$a=$1;$a=~s/,/;/g;$_=~s/(.*DP=).*(MQ.*$)/$1$a$2/g'
0,0,0,DP=1;1;1;1;MQ=2,2,2

或

测试：

> echo "0,0,0,DP=1,1,1,1,MQ=2,2,2" | awk -F"=" '{OFS="=";gsub(",",";",$2)}1'
0,0,0,DP=1;1;1;1;MQ=2,2,2

> echo "0,0,0,DP=1,1,1,1,MQ=2,2,2" | perl -F"=" -ane '$F[1]=~s/,/;/g;print join "=",@F'
0,0,0,DP=1;1;1;1;MQ=2,2,2

使用awk，您可以这样做（前提是不再有=存在）

输出

0,0,0，DP=1；1.1.1.MQ=2,2,2

> echo "0,0,0,DP=1,1,1,1,MQ=2,2,2" | perl -F"=" -ane '$F[1]=~s/,/;/g;print join "=",@F'
0,0,0,DP=1;1;1;1;MQ=2,2,2

awk -F"=" '{gsub(",",";",$2); $1 = $1; print $1"="$2"="$3}' temp.txt