Snakemake 如何在规则中获取conda环境路径？

在Snakemake的早期版本上（在3.9.1上使用与bioconda的集成进行测试——使用conda），我只需检查environment.yaml文件的md5散列，并在workdir/.Snakemake/conda/md5中找到相应的环境

在版本4.3.0上，文件的md5哈希与环境文件夹不匹配。查看源代码，我发现在计算md5散列时包含了环境文件的完整路径，以避免硬编码路径上出现conda错误，但我不确定如何生成正确的散列

---

有没有其他更简单的方法来获取规则中的环境路径？如果没有，如何生成正确的md5来查找环境？

目前，唯一合理的方法是检查日志。激活环境时将显示路径。但是，提供一个命令行选项来列出所有环境是一个非常好的主意，比如

snakemake--list conda envs

。我会尽快做的

---

编辑：我已经在主分支中实现了

--list conda envs

。它将在下一版本中发布。

谢谢您的回答。这个选项确实很有用，但我在这里真正想要的是在运行时将环境路径放在规则中。例如，我需要在一些包中访问/opt/文件夹。我找到了一种方法，但不确定是否非常便携。由于规则激活了环境，我可以从$PATH变量：

${{{PATH%%/bin:*}}