Sockets sbatch:错误：批作业提交失败：运行Snakemake时，发送/接收操作的套接字超时

我在使用slurm的HPC上运行snakemake管道。管道相当长，由约22个台阶组成。snakemake在尝试提交作业时会定期遇到问题。这是一个错误

sbatch:错误：批作业提交失败：发送/接收操作时套接字超时
提交作业脚本时出错（退出代码1）：

我使用以下snakemake调用通过sbatch文件运行管道

snakemake-j999-p--cluster-config cluster.json--cluster'sbatch--account{cluster.account}--job name{cluster.job name}--ntasks per node{cluster.ntasks per node}--cpu per task{threads}--mem cluster.mem partition partition{cluster.partition}--time{cluster.time}--mail user{cluster.mail user}--mail type{cluster.mail type}--error{cluster.error}--输出{cluster.output}'

这不仅会导致snakemake sbatch作业的输出，还会导致snakemake创建的作业的输出。上述错误出现在sbatch文件的slurm.out中

---

错误指示的特定作业步骤将成功运行，并给出输出，但管道失败。作业步骤的日志显示作业id运行时没有问题。我在谷歌上搜索了此错误，它似乎经常发生在slurm中，尤其是当调度程序处于高IO下时，这表明这将是不可避免的且经常发生的错误ar事件。我希望有人遇到了这个问题，可以提供解决方案建议，这样整个管道就不会失败。

snakemake有一个选项，默认参数为10，可以选择

--max jobs per second

和

--max status checks per second

。也许可以尝试降低它们以减少sc的压力Scheduler？另外，可能尝试减少

-j 999

？

可能使用

-j 999

snakemake试图提交太多的作业以满足群集的容量？添加--max jobs per second和--max status checks per second并减少到5个，修复了此问题。感谢您的帮助！