Unix 使用awk比较bam文件中列的两行

我试图比较bam文件中单个列的两行。首先在第1列中查找匹配的条目，然后，如果第1列中的条目匹配，则比较第2列并查找不匹配的条目

为了读取文件并保留标题，我首先必须打开文件并对其进行管道传输，然后使用命令以相同的格式保留：

samtools -h file.bam | command I need here > file_filtered.bam

标题是多行的，而不仅仅是一行。所有标题行都以“@”开头

在标头之后，bam文件如下所示：

00b27c71-a833-4605-9fb3-a2714ac98091    ENST00000352983.6   157 60  16
00b27c71-a833-4605-9fb3-a2714ac98091    ENST00000258424.2   12  60 2048
00d77e65-466e-4fe6-ad0f-bc6b3f44af75    ENST00000367142.4   8   60 0
00d77e65-466e-4fe6-ad0f-bc6b3f44af75    ENST00000367142.4   130 12  4

我想在第一列中找到匹配的行，但在第二列中找不到匹配的行，就像上面的前两行一样。最后两行在第1列中匹配，但在第2列中也匹配，因此我对此不感兴趣。上述内容的预期输出仅为前两行：

00b27c71-a833-4605-9fb3-a2714ac98091    ENST00000352983.6   157 60  16
00b27c71-a833-4605-9fb3-a2714ac98091    ENST00000258424.2   12  60 2048

我尝试了很多awk的变体，但都没有用。还有更多的列，我想打印与条件匹配的行的所有列。任何帮助都将不胜感激

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谢谢

请您尝试以下内容，并让我知道这是否对您有帮助。它读取输入_文件2次

awk 'BEGIN{FS="\t"}FNR==NR{a[$1,$2]++;next} a[$1,$2]==1' Input_file  Input_file

EDIT:由于OP在评论中告知OP正在将命令的输出传递给

awk

，并且OP也没有显示该命令，所以您可以使用以下命令

your_command | awk 'BEGIN{FS="\t"}FNR==1{print;next}{a[$1,$2]++;b[$1,$2]=$0} END{for(i in a){if(a[i]==1){print i,b[i]}}}' 

EDIT2:根据OP保留标题，现在添加此解决方案

your_command | awk 'BEGIN{FS="\t"}FNR==1||/^@/{print;next}{a[$1,$2]++;b[$1,$2]=$0} END{for(i in a){if(a[i]==1){print b[i]}}}' 

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请将该示例输入所需的输出添加到您的问题中。@csijcs，它一点也不清楚，正如Cyrus所提到的，请在代码标签

{}

按钮中将示例输出添加到您的帖子中。我已经编辑过了。我想在第1列中找到所有匹配的行，但在第2列中不匹配，并打印这些行的所有列（还有许多隐藏的列，它们对比较不感兴趣）