Arrays 当数组中的子对象数取决于前一个作业的结果时，如何在多个保留作业的管道中运行数组作业

我正在尝试编写一个bash脚本，将几个作业发送到集群（SGE调度程序），每个作业都等待前一个作业结束，例如：

HOLD_ID=$(qsub JOB1.sh | cut -c 10-16)
HOLD_ID=$(qsub -hold_jid $HOLD_ID JOB2.sh | cut -c 10-16)
HOLD_ID=$(qsub -hold_jid $HOLD_ID JOB3.sh | cut -c 10-16)

qsub -hold_jid $HOLD_ID -t 1-$NB_OF_SUBJOBS JOB4.sh

这非常有效，但是，现在我想在此管道中添加一个保留的数组作业，例如：

HOLD_ID=$(qsub JOB1.sh | cut -c 10-16)
HOLD_ID=$(qsub -hold_jid $HOLD_ID JOB2.sh | cut -c 10-16)
HOLD_ID=$(qsub -hold_jid $HOLD_ID JOB3.sh | cut -c 10-16)

qsub -hold_jid $HOLD_ID -t 1-$NB_OF_SUBJOBS JOB4.sh

但是在这里，子作业的数量（

$NB\u of_subbobs

）取决于JOB2.sh的结果

我希望这是一个快速，主脚本，只是发送所有的工作。我不想有一段时间+睡眠或类似的东西，这是我的第一次尝试。取决于我需要的数量（JOB2.sh）的工作时间相对较长。由于在提交时对最后一行进行了评估，因此包含由上一个JOB2.sh创建的子作业数的任何变量或文件都将不起作用。有什么想法吗

非常感谢,

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David

因此，如果我理解的话，作业4的提交基于从作业2的完成中获取信息。如果是这种情况，很明显，您将需要在作业2完成后提交作业4，这与提交作业4和在作业2完成时暂停执行是分开的

为什么不在作业2上使用

-sync-y

选项，使作业4的提交仅在作业2完成后发生：

qsub -hold_jid $HOLD_ID JOB2.sh -sync y

确保将作业2的输出

n_subbobs

变量输出到类似文件的位置（

n_subbobs.txt

下面的示例），或者您可以像对作业id所做的那样将输出解析为变量。然后在提交作业4时阅读此信息：

qsub -t 1-$(cat n_subjobs.txt) JOB4.sh