Awk 将多个FASTA文件拆分为单独的文件，保留其原始名称

我正在尝试使用一个AWK脚本，该脚本在本论坛早些时候发布。我正在尝试将一个包含多个DNA序列的大型FASTA文件拆分为单独的FASTA文件。我需要将每个序列分离到它自己的FASTA文件中，每个新FASTA文件的名称需要是原始大型multifasta文件中的DNA序列的名称（所有字符都在>之后）

我尝试了在stackoverflow找到的脚本：

awk '/^>chr/ {OUT=substr($0,2) ".fa"}; OUT {print >OUT}' your_input

它工作得很好，但是DNA序列直接在文件名之后开始，没有空格。DNA序列需要在新行上开始（常规FASTA格式）

如果能帮我解决这个问题，我将不胜感激。

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谢谢

你的意思是这样的吗

awk '/^>chr/ {OUT=substr($0,2) ".fa";print " ">OUT}; OUT{print >OUT}' your_input

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为每个“染色体/序列/事物”创建的新文件在开始时有一个空行吗？

我认为这应该可以

awk '/^>chr/ {OUT=substr($0,2) ".fa"}; {print >> OUT; close(OUT)}' Input_File

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希望这个perl脚本能有所帮助

#!/usr/bin/perl
open (INFILE, "< your_input.fa")
or die "Can't open file";
while (<INFILE>) {
$line = $_;
chomp $line;
if ($line =~ /\>/) { #if has fasta >
close OUTFILE;
$new_file = substr($line,1);
$new_file .= ".fa";
open (OUTFILE, ">$new_file")
or die "Can't open: $new_file $!";
}
print OUTFILE "$line\n";
}
close OUTFILE;

#/usr/bin/perl
打开（填充“/）{if有fasta>
关闭输出口；
$new_file=substr（$line，1）；
$new_文件=“.fa”；
打开（输出文件“>$new_文件”）
或者死“无法打开：$new_file$！”；
}
打印输出文件“$line\n”；
}
关闭输出口；

我建议发布一些示例（预期）输出（带有文件名）和输入。本网站的一些用户可能不知道什么是FASTA格式，没有时间研究。。。