awk基于另一个字段替换字段值

我试图使用

awk

将

Classification

字段

NF+1

的值替换为

CLINSIG

字段

NF-1

的值，如果该值为

良性

。我认为

awk

已关闭，但目前我得到一个空文件。怎么了

输入

Chr Start   End Ref Alt Func.refGene    PopFreqMax  CLINSIG Classification
chr1    43395635    43395635    C   T   exonic  0.12    Benign  VUS
chr1    43396414    43396414    G   A   exonic  0.14    Benign  VUS
chr1    172410967   172410967   G   A   exonic  0.66    VUS

Chr Start   End Ref Alt Func.refGene    PopFreqMax  CLINSIG Classification
chr1    43395635    43395635    C   T   exonic  0.12    Benign  Benign
chr1    43396414    43396414    G   A   exonic  0.14    Benign  Benign
chr1    172410967   172410967   G   A   exonic  0.66    VUS

awk

awk -v OFS='\t' '{ if ($(NF-1) == "Benign") sub($(NF+1)=$(NF-1); print $0 }' input

所需输出

Chr Start   End Ref Alt Func.refGene    PopFreqMax  CLINSIG Classification
chr1    43395635    43395635    C   T   exonic  0.12    Benign  VUS
chr1    43396414    43396414    G   A   exonic  0.14    Benign  VUS
chr1    172410967   172410967   G   A   exonic  0.66    VUS

Chr Start   End Ref Alt Func.refGene    PopFreqMax  CLINSIG Classification
chr1    43395635    43395635    C   T   exonic  0.12    Benign  Benign
chr1    43396414    43396414    G   A   exonic  0.14    Benign  Benign
chr1    172410967   172410967   G   A   exonic  0.66    VUS

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您可能是指

分类

字段

NF

，而不是

NF+1

：

$ awk -v OFS='\t' '$(NF-1)=="Benign" {$(NF)=$(NF-1)} {print $0 }' input
Chr Start   End Ref Alt Func.refGene    PopFreqMax  CLINSIG Classification
chr1    43395635        43395635        C       T       exonic  0.12    Benign Benign
chr1    43396414        43396414        G       A       exonic  0.14    Benign Benign
chr1    172410967       172410967       G       A       exonic  0.66    VUS

---

您不认为值得一提并发布您的awk脚本产生的语法错误吗？可能会使我们更容易帮助您。很抱歉，

awk

确实运行了。正如@James Brown所怀疑的，我指的是错误的

NF

变量。我仍在努力理解这一点，因为它使事情变得更容易。谢谢：）在你的问题中发布的awk脚本

awk-vofs='\t'{if（$（NF-1）=“良性”）sub（$（NF+1）=$（NF-1）；print$0}'输入

无法运行，因为它包含语法错误。如果你运行了其他awk脚本，显然，这就是你应该让我们查看的。