awk使用另一个文件中的特定字段查找值

我正在尝试使用

awk

查找

file2

中

$2

和

file1

中

$3

之间的所有

$3

值。如果

file2

的

$3

中的值在

file1

字段之间，则它将与

file1

中的

$6

值一起打印。

file1

和

file2

都是

制表符分隔的

以及所需的输出。如果没有要打印的内容，则处理下一行。下面的

awk

很接近，但使用我的实际

~30MB

文件，它处理速度很慢，并以意外的格式打印。我也不知道如何调整。谢谢：）

file1

chr1    948953  948956  chr1:948953-948956  .   ISG15
chr1    949363  949858  chr1:949363-949858  .   ISG15
chr1    955542  955763  chr1:955542-955763  .   AGRN
chr1    957570  957852  chr1:957570-957852  .   AGRN
chr1    976034  976270  chr1:976034-976270  .   AGRN

文件2

rs13303106  1   891945  GG
rs28415373  1   893981  CC
rs13303010  1   894573  AA
rs6696281   1   903104  CC
rs28391282  1   904165  GG
rs6657048   1   957640  CC
rs2710888   1   959842  CT
rs3128126   1   962210  AG
rs2710875   1   977780  CT
rs4511111   1   949375  GG

电流输出

rs6657048   1   957640  CC  
4   AGRN
rs4511111   1   949375  GG  
2   ISG15

rs6657048   1   957640  CC  AGRN
rs4511111   1   949375  GG  ISG15

所需输出

rs6657048   1   957640  CC  
4   AGRN
rs4511111   1   949375  GG  
2   ISG15

rs6657048   1   957640  CC  AGRN
rs4511111   1   949375  GG  ISG15

awk

awk -F'\t' -v OFS='\t' '                   
NR == FNR {min[NR]=$2; max[NR]=$3; Gene[NR]=$NF; next}
{                
    for (id in min) 
        if (min[id] < $3 && $3 < max[id]) {
            print $0, id, Gene[id]
            break              
        }
}                                     
' file1 file2

awk-F'\t'-v OFS='\t''
NR==FNR{min[NR]=$2；max[NR]=$3；Gene[NR]=$NF；next}
{                
用于（id以分钟为单位）
如果（最小[id]<3美元&和$3<最大[id]）{
打印$0，id，基因[id]
打破
}
}                                     
'文件1文件2

您的文件包含控件Ms，因此

打印$0

将换行到下一行。如果不想打印

id

，请先在它们上运行dos2unix或类似程序，然后不要在print语句中包含

、id