awk可跳过直至并包括图案的线条

我试图使用

awk

跳过所有行，包括特定模式

/^#CHROM/

，并在下面的行上开始处理。

awk

确实执行，但当前返回

选项卡中以

分隔的文件

中的所有行。谢谢：）

文件

##INFO=<ID=ANN,Number=1,Type=Integer,Description="My custom annotation">
##source_20170530.1=vcf-annotate(r953) -d key=INFO,ID=ANN,Number=1,Type=Integer,Description=My custom annotation -c CHROM,FROM,TO,INFO/ANN
##INFO=<ID=,Number=A,Type=Float,Description="Variant quality">
#CHROM  POS ID  REF ALT
chr1    948846  .   T   TA  NA  NA
chr2    948852  .   T   TA  NA  NA
chr3    948888  .   T   TA  NA  NA

设计输出

chr1    948846  .   T   TA  ID1=NA  ID2=NA
chr2    948852  .   T   TA  ID1=NA  ID2=NA
chr3    948888  .   T   TA  ID1=NA  ID2=NA

使用以下awk方法：

awk -v OFS="\t" '/^#CHROM/{ r=NR }r && NR>r{ $6="ID=1"$6; $7="ID=2"$7; print }' file

输出：

chr1    948846  .   T   TA  ID=1NA  ID=2NA
chr2    948852  .   T   TA  ID=1NA  ID=2NA
chr3    948888  .   T   TA  ID=1NA  ID=2NA

---

• /^#CHROM/{r=NR}

  -捕获图案线编号

---

替代方法如下所示：

awk -v OFS="\t" '/^#CHROM/{ f=1; next }f{ $6="ID=1"$6; $7="ID=2"$7; print }' file

使用以下awk方法：

awk -v OFS="\t" '/^#CHROM/{ r=NR }r && NR>r{ $6="ID=1"$6; $7="ID=2"$7; print }' file

输出：

chr1    948846  .   T   TA  ID=1NA  ID=2NA
chr2    948852  .   T   TA  ID=1NA  ID=2NA
chr3    948888  .   T   TA  ID=1NA  ID=2NA

---

• /^#CHROM/{r=NR}

  -捕获图案线编号

---

替代方法如下所示：

awk -v OFS="\t" '/^#CHROM/{ f=1; next }f{ $6="ID=1"$6; $7="ID=2"$7; print }' file

有关此和其他awk搜索习惯用法的详细信息，请参阅。你的是那页上“b”的变体

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有关此和其他awk搜索习惯用法的详细信息，请参阅。您的是该页面上“b”的变体。

尝试

/^ CHROM/{f=1；next}f{print…}

或

f{print…}/^ CHROM/{f=1}

/^ CHROM/

是一个regexp，相当于

$0~/^ CHROM/

。您认为比较的结果是行号还是布尔真/假？如果是布尔值，为什么要将其与当前行号（NR）进行比较？如果是行号，您认为测试当前行号是否大于当前行号的结果会是什么？请尝试

/^ CHROM/{f=1；next}f{print…}

或

f{print…}/^ CHROM/{f=1}

/^ CHROM/

是一个与

$0~/^ CHROM CHROM相当的regexp。您认为比较的结果是行号还是布尔真/假？如果是布尔值，为什么要将其与当前行号（NR）进行比较？如果是一个行号，您认为测试当前行号是否大于当前行号的结果会是什么？只需将块交换为四舍五入，那么
f
将在设置后对行进行求值。谢谢大家：）。只需将块交换为四舍五入，那么
f
将在设置后对行进行求值。谢谢大家：）。