Bash 如何使用awk和条件管道提交qsub作业？

我有一个文件（fasta），我正在使用awk从中提取所需的字段（带有标题的序列）。然后我将其传输到BLAST程序，最后我将其传输到qsub以提交作业。 文件：

>sequence_1
ACTGACTGACTGACTG
>sequence_2
ACTGGTCAGTCAGTAA
>sequence_3
CCGTTGAGTAGAAGAA

以及命令（该命令有效）：

或基本上：>标题\n顺序 一个接一个地将其传送到blast程序，该程序可以接受stdin。我想为每个序列创建一个唯一的作业，这就是我想为每个序列管道到qsub的原因。 简单地说，qsub提交的内容应该是这样的：

qsub -q S /Local/ncbi-blast-2.2.25+/bin/blastx -db blastdb.fa -query FASTA_SEQUENCE -outfmt 5 >> /User/blastresult.xml

请注意，如果stdin序列通过管道传输到-query标志，则不需要-query标志。 然而，对于我来说，主要的问题是如何合并我上面提到的条件，以便只有当qstat结果低于阈值时，序列才会通过管道传输到qsub。理想情况下，如果qstat结果高于阈值，它将休眠，直到我低于阈值，然后将其转发

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谢谢。

这个shell读取两行代码，将它们打印到stdout，并将它们导入qsub命令

while IFS= read -r header; do
    IFS= read -r sequence
    printf "%s\n" "$header" "$sequence" | 
    qsub -q S /Local/ncbi-blast-2.2.25+/bin/blastx -db blastdb.fa -outfmt 5 >> /User/blastresult.xml
done < fasta.fasta

而IFS=read-r报头；做
IFS=读取-r序列
printf“%s\n”$header“$sequence”|
qsub-qs/Local/ncbi-blast-2.2.25+/bin/blastx-db blastdb.fa-outfmt 5>>/User/blastresult.xml
完成

您好，我想这是很久以前的问题了

我将提供一种解决方法，在将其传递给awk之前，通过计算应该处理的行（序列），awk片段将到达回波工作时间的位置

#!/bin/bash
ct=`grep -c '^>' fasta.fasta`
if [ $ct -lt 201 ] ; then 
    echo time to work
else
    echo too much
fi

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如果

qsub

在后台运行，您就不能用

ps ax | grep-wc'[q]sub'

计算进程数吗？或者，与其不运行作业，不如将它们提交到队列，然后编写一个队列运行程序，在前200个作业上生成

qsub

，然后在旧作业完成时生成新实例？当然，这将是一个完全不同的问题。您的第一个awk调用不会进行过滤：它会像cat一样打印整个文件。事实上，您的awk命令的输出根本不被使用：echo命令不从标准输入（本例中为管道）获取输入。也许，你可以告诉我们你想要完成什么：输入看起来像什么，输出应该是什么。@HaiVu我已经补充了一些关于上述问题的更多信息。谢谢，谢谢你。但是，我的问题是，我在向管道添加条件时遇到问题，该条件将检查用户正在运行的作业数，并且只有在低于阈值时才会将命令传递给qsub。感谢您的尝试。然而，这不是我的问题。我正在寻找一种方法，发送序列上的一个爆炸与qsub。你的回答没有提到这一点。

qsub -q S /Local/ncbi-blast-2.2.25+/bin/blastx -db blastdb.fa -query FASTA_SEQUENCE -outfmt 5 >> /User/blastresult.xml

while IFS= read -r header; do
    IFS= read -r sequence
    printf "%s\n" "$header" "$sequence" | 
    qsub -q S /Local/ncbi-blast-2.2.25+/bin/blastx -db blastdb.fa -outfmt 5 >> /User/blastresult.xml
done < fasta.fasta

#!/bin/bash
ct=`grep -c '^>' fasta.fasta`
if [ $ct -lt 201 ] ; then 
    echo time to work
else
    echo too much
fi