Bash 删除两个字符串之间的文本sed，awk

我在寻找解决办法，但找不到合适的办法

我想删除每行两个字符串之间的所有字符

输入是一个Fasta文件：

>CAM_P0000101_READ_00457523 /accession=CAM_P0000101_READ_00457523 /xy=2625_3790 /region=2 /run=R_2008_08_11_16_51_31_ /length=253 /sample_id=1309720343513924875 /sample_acc=CAM_P0000101_SMPL_PAPUT2 /sample_name=CAM_P0000101_SMPL_PAPUT2 /site_id_n=CAM_P0000101_SITE_PAPUT2
GTGCCTTCGGGAACCGGGTGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGTAACGAGCGCAACCCTTGTCCTTAGTTGCCAGCACGTAATGGTGGGAACTCTAAGGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGGCCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCTAGGACAGACGGCTGCAAACCNGCGAGTGGGG
>CAM_P0000101_READ_00460168 /accession=CAM_P0000101_READ_00460168 /xy=2199_0493 /region=2 /run=R_2008_08_11_16_51_31_ /length=233 /sample_id=1309720343513924875 /sample_acc=CAM_P0000101_SMPL_PAPUT2 /sample_name=CAM_P0000101_SMPL_PAPUT2 /site_id_n=CAM_P0000101_SITE_PAPUT2
TTTACCGCGGCTGCTGGCACGAAGTTAGCCGGACCTTATTCTTCGGGTACAGTCATTATCTTTCCCGACAAAAGAGCTTTACAACCCAAGGGCCTTCTTCACTCACGCGGCATCGCTGCATCAGGCTTTCGCCCATTGTGCAAGATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTATCTCAGTCCCAGTGTGGCTGATCATCCTCTACAAATCAGCTATTGATTACT

我想删除第一个

>CAM\u p*

到

/sample\u name=*

之后的所有文本，以及

sample\u name.*

>CAM.*/sample.\u name=*

应该只剩下这两样东西

所有这些都应删除：

/accession=CAM_P0000101_READ_00457523 /xy=2625_3790 /region=2 /run=R_2008_08_11_16_51_31_ /length=253 /sample_id=1309720343513924875 /sample_acc=CAM_P0000101_SMPL_PAPUT /site_id_n=CAM_P0000101_SITE_PAPUT2

谁能帮帮我吗？

我要去营救

awk '{line=""; sep=""; p=q=0; 
      for(i=1;i<=NF;i++) {
          if(!p && $i~/CAM_P/) {
              p=1;
              line=line sep $i;
              sep=FS
          } else if(!q && $i~/sample_name/) {
              q=1;
              line=line sep $i;
              sep=FS
          }
       } 
       print line
      }'

只匹配这两个单词，然后将输出的两行内容合并回去

sed 's/\(>CAM_P[^ ]*\).*\(\/sample_name=[^ ]*\).*/\1 \2/' filename

---

您期望的输出是什么？为什么不干脆

打印“>CAM\u*/sample\u name=*”

，而不用担心任何替换？您有两行输入，但只有一行输出-为什么？GTGCCTTCGGGAACCG…怎么样？你想删除还是保持原样？谢谢，但我收到一条错误消息：
awk-f short_name_fasta.awk test
awk:short_name_fasta.awk:3:awk'{line=“”；sep=“”；
awk:short_name_fasta.awk:3:^invalid char''in expression
awk:short_name_fasta.awk:3:awk'{line=”“；sep=“；
awk:short\u name\u fasta.awk:3:^语法错误脚本中不应该有

awk

，也不应该有单引号。请确认。只包括单引号之间的内容。或者，您的复制/粘贴可能从网页中获取了一些无效字符。没有问题。如果您正在寻找答案，请接受。

sed 's/\(>CAM_P[^ ]*\).*\(\/sample_name=[^ ]*\).*/\1 \2/' filename