使用特定列集的awk或sed更改字段分隔符

我想修改一个同时使用制表符和空格作为字段分隔符的文件。 开始时，我们有一个具有这种结构类型的文件：

 chr1    Cufflinks    gene_id "XLOC_000001"; oId "XR_003076322.1";
 chr1    Cufflinks    gene_id "XLOC_000012"; oId "XR_001548508";

执行

awk-F''$4=$6{print$0}'

执行我正在查找的操作（将“gene_id”的值更改为“oId”中的值）：

问题是它改变了线条结构：在

chr1

之间的标签

\t

，

袖扣

和

基因id

消失了。我尝试添加

-vofs=\t

，但它在

基因id“XLOC\u 000012”中添加了标签；oId“XR_001548508”零件（应以空格分隔）。我还尝试了
sed
类似于
sed-I的//\t/'
的东西，但它也会将标签放在任何地方

如何将第1列的字段分隔符更改为第3列（而不将第3列更改为第6列）？
您可以使用此
sed
保留空白：

sed-E$'s/^（[\t]*（[^\t]+[\t]+）{3}）[^\t]+（[\t]+[\t]+）{1}）（[^\t]+）/\\1\\6\\3\\4\\6/'ff

将第6个字段复制到第4个字段的说明：


^
：#匹配开始
（[\t]*（[^\t]+[\t]+）{3}
：#匹配前4-1个字段并在组#1中捕获
[^\t]+
：#匹配第四个字段
（[\t]+）
：#匹配第4个字段后的空格，并在第3组中捕获
（（[^\t]+[\t]+）{1}）
：#匹配下一个（6-4-1）字段并在组中捕获#4
（[^\t]+）
：#匹配第6个字段并在组中捕获#6
\\1\\6\\3\\4\\6
：在替换中放回引用


或者，此
awk
也会创建表格对齐输出：

awk'$4=$6'文件|列-t
chr1袖扣基因_id“XR_003076322.1”；oId“XR_003076322.1”；
chr1袖扣基因“XR_001548508”；oId“XR_001548508”；
awk的可能性：

awk-F'[]'{$2=$4；print}文件

通过使用空格字符作为输入字段分隔符（与空格和制表符相反），可以将字段指定给，而无需将制表符更改为空格

对于更复杂的情况，有
split
（但没有“
join
”）：

awk'BEGIN{FS=OFS=“\t”}{n=split（$3，a，”）；a[2]=a[4]；用于（i=1；i您的条件
$4=$6
实际上不是一个条件，
=
是一个赋值运算符，所以您想比较$4和$6吗？或者您想将第四个字段的值指定为第六个字段？请确认一下。不，这不是一个条件，是故意的。我需要将$6的值指定给$4Thanks，第一个答案是正确的，但不是第二个，因为它把标签放在了所有的地方。你能解释一下sed命令吗？我需要把它改编成一个更复杂的文件，有超过15列，像这样。我将在我的
sed
命令中添加解释。是的，第二个将不会保留原来的空白，但会创建新的表格格式。非常感谢这些解释ns:）它很好用
 chr1 Cufflinks gene_id "XR_003076322.1"; oId "XR_003076322.1";
 chr1 Cufflinks gene_id "XR_001548508"; oId "XR_001548508";

chr1    Cufflinks    gene_id "XR_003076322.1"; oId "XR_003076322.1";
chr1    Cufflinks    gene_id "XR_001548508"; oId "XR_001548508";

awk 'BEGIN {FS=OFS="\t"} {n = split($3, a, " "); a[2] = a[4]; for (i=1; i<=n; ++i)
    $3 = (i == 1 ? "" : $3 " ") a[i]
} 1' file