Bash 使用samtools提取两个配偶都未映射的未映射读取？_Bash_Bioinformatics_Samtools

Bash 使用samtools提取两个配偶都未映射的未映射读取？

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Bash 使用samtools提取两个配偶都未映射的未映射读取？,bash,bioinformatics,samtools,Bash,Bioinformatics,Samtools,我正在尝试确定提取未映射读取的最佳方法，在这种读取中，一对配偶中的两个都没有映射。目前，我的代码似乎只是提取所有未映射的读取，而不考虑它们的匹配。我不知道该怎么做，因为我已经在使用-f选项来提取未映射的读取。我是否会对samtools视图进行另一次迭代 samtools view -@ 4 -buh -f4 sample${r}_pe.remove.sam > sample${r}_pe.unmapped.bam 要仅提取读取1未映射且读取2未映射的读取（=两个配偶均未映射）：这里的选

我正在尝试确定提取未映射读取的最佳方法，在这种读取中，一对配偶中的两个都没有映射。目前，我的代码似乎只是提取所有未映射的读取，而不考虑它们的匹配。我不知道该怎么做，因为我已经在使用-f选项来提取未映射的读取。我是否会对samtools视图进行另一次迭代

samtools view -@ 4 -buh -f4 sample${r}_pe.remove.sam > sample${r}_pe.unmapped.bam

要仅提取读取1未映射且读取2未映射的读取（=两个配偶均未映射）：

这里的选项是：

-b

-输出BAM，

-f12

-过滤器仅读取带有标志的内容：4（读取未映射）+8（匹配未映射）

另请参见：

解码SAM标志：

由于CPU和IO之间的不平衡，压缩数据的处理效率要高得多，因此几乎可以肯定您希望在此基础上添加管道gzip。

samtools view -b -f12 input.sam > output.both_mates_unmapped.bam