为awk列说明符传递bash变量

关于将shell变量传递给awk有很多线程，我已经很容易地解决了这一问题，但是我想要传递的变量是列说明符变量（

$1，$2

等）

鉴于shell也将这些变量用作默认命令行参数变量，这会让人感到困惑

在这个脚本中，我只是将两个文件排序并合并在一起，但是为了开始稍微概括脚本，我希望能够在命令行上指定关键文件中的字段，awk应该将该字段作为其排序说明符

我做错了什么？（我只是刚刚开始接触awk，oneliner是根据awk稍作修改的

要排序的文件：

因此，我需要根据keyfile中的第3列和要排序的文件中的第1列对行进行排序和匹配

结果文件：（第3列和第4列的重复内容是我计划整理的内容）

---

当您传递

awk-va=“$field”

时，awk变量

a

的规范仅适用于单个

awk

命令。您不能期望

a

在完全不同的

awk

调用中可用

因此，您需要直接将其放置到位：

或者在您的情况下：

field=1
awk -v a="$field" '
NR==FNR {
  o[FNR]=$a;
  next;
}

{ t[$1] = $0 }

END {
  for(x=1; x<=FNR; x++) {
    y=o[x]
    printf("%s\t%s\n", y, t[y])
  }
}' "$keyfile" "$filetosort"

字段=1
awk-v a=“$field””
NR==FNR{
o[FNR]=一美元；
下一个
}
{t[$1]=$0}
结束{
对于（x=1；x我将添加此作为答案，因为它确实解决了我提出的问题，尽管Charles对我所犯错误的（无数）方面给出了极好的建议

用Charles关于单独的awk命令的观点修改上述代码，我现在可以调用以下内容（抱歉，是的，它仍在使用
paste
）

错误。您正在将
keyfile
作为可执行文件运行，并将其作为可执行文件运行的输出粘贴到第一列--这真的是您想要的吗？以及您的
awk-v a=“$field”
实际上根本没有一个awk程序的文本传递给它。顺便说一句，你完全可以使用
join
来达到这个目的——根本不需要
awk
来满足用例。我强烈建议，强烈推荐使用
join
来完成这个任务。
awk
解决方案不能处理大于我的输入t可以一次放入内存——但因为
join
需要排序输入，所以它可以依赖于流式输入，而
sort
的GNU实现可以将不适合内存的文件转储到磁盘。您的问题是要包括简明的、可测试的样本输入和预期的输出，因为您的文本要求不明确，我们需要当一个文件中的行或字段比另一个文件中的行或字段多/少时（以您试图用作键值的为准），请确保包含（或至少描述）所需的雨天行为。啊，我明白了，这是有道理的。我正在读的一个线程（我现在找不到）将它们显示为单独的shell命令，我想这让我很困惑。这个awk解决方案几乎是完美的，除了我需要维护keyfile中的整行，实际上，它只是维护包含排序键的行。我用输入文件编辑了这个问题，希望它更清晰。Re:“not sorted”排序规则需要匹配。据我所知，它们应该是相同的。什么是连接查找？我必须为它指定一个标志，只考虑一个特定的列或什么？是的，您需要指定特定的列，并且该列需要是文档排序的一个。谢谢你的帮助。
PVClumt18   PAK_2199    PAK_01997
PVClopt2    PAK_2091    PAK_01895
PVCcif7     PAK_1975    PAK_01793
PVClopT12   PAU_02101   PAU_02063
PVCpnf20    PAK_3524    PAK_03184
PVClopt3    PAK_2090    PAK_01894
PVClopT11   PAU_02102   PAU_02064
PVCunit2_11 plu1698     PLT_01726
PVClumT9    afp10       PAU_02198
PVCunit2_17 plu1692     PLT_01720

PAU_02064   1pqx    1pqx_A  37.4    13  0.00035 31.4    >1pqx_A Conserved hypothetical protein; ZR18,structure, autostructure,spins,autoassign, northeast structural genomics consortium; NMR {Staphylococcus aureus subsp} SCOP: d.267.1.1 PDB: 2ffm_A 2m6q_A 2m8w_A
PAK_01997   5ftj    5ftj_A  99.9    1.6e-26 4.2e-31 229.2   >5ftj_A Transitional endoplasmic reticulum ATPase; hydrolase, single-particle, AAA ATPase; HET: ADP OJA; 2.30A {Homo sapiens} PDB: 3cf1_A* 3cf3_A* 3cf2_A* 5ftk_A* 5ftl_A* 5ftm_A* 5ftn_A* 1r7r_A* 5c19_A 5c1b_A* 5c18_A* 3cf0_A*
PAK_01894   3j9q    3j9q_A  99.9    1.8e-29 4.6e-34 215.9   >3j9q_A Sheath; pyocin, bacteriocin, sheath, structural protein; 3.50A {Pseudomonas aeruginosa}
PAK_03184   1xju    1xju_A  99.4    4.1e-17 1.1e-21 98.8    >1xju_A Lysozyme; secreted inactive conformation, hydrolase; 1.07A {Enterobacteria phage P1} SCOP: d.2.1.3
PAK_01793   5a3a    5a3a_A  50.8    6   0.00016 31.4    >5a3a_A SIR2 family protein; transferase, P-ribosyltransferase, metalloprotein, NAD-depen lipoylation, regulatory enzyme, rossmann fold; 1.54A {Streptococcus pyogenes} PDB: 5a3b_A* 5a3c_A*
PLT_01720   3ggm    3ggm_A  54.2    4.9 0.00013 26.2    >3ggm_A Uncharacterized protein BT9727_2919; bacillus cereus group., structural genomics, PSI-2, protein structure initiative; 2.00A {Bacillus thuringiensis serovarkonkukian}
PLT_01726   3h2t    3h2t_A  96.8    8e-06   2.1e-10 82.6    >3h2t_A Baseplate structural protein GP6; viral protein, virion; 3.20A {Enterobacteria phage T4} PDB: 3h3w_A 3h3y_A
PAK_01895   3j9q    3j9q_A  100.0   2.5e-35 6.4e-40 248.6   >3j9q_A Sheath; pyocin, bacteriocin, sheath, structural protein; 3.50A {Pseudomonas aeruginosa}
PAU_02198   4jiv    4jiv_D  69.6    1.6 4.2e-05 27.5    >4jiv_D VCA0105, putative uncharacterized protein; PAAR-repeat motif, membrane piercing, type VI secretion SYST vibrio cholerae VGRG2; HET: PLM STE ELA; 1.90A {Vibrio cholerae o1 biovar eltor}
PAU_02063   4yap    4yap_A  31.1    20  0.00052 29.1    >4yap_A Glutathione S-transferase homolog; GSH-lyase GSH-dependent; 1.11A {Sphingobium SP} PDB: 4g10_A 4yav_A*

PVClumt18   PAK_2199    PAK_01997   PAK_01997   5ftj    5ftj_A  99.9    1.6e-26 4.2e-31 229.2   >5ftj_A Transitional endoplasmic reticulum ATPase; hydrolase, single-particle, AAA ATPase; HET: ADP OJA; 2.30A {Homo sapiens} PDB: 3cf1_A* 3cf3_A* 3cf2_A* 5ftk_A* 5ftl_A* 5ftm_A* 5ftn_A* 1r7r_A* 5c19_A 5c1b_A* 5c18_A* 3cf0_A*
PVClopt2    PAK_2091    PAK_01895   PAK_01895   3j9q    3j9q_A  100.0   2.5e-35 6.4e-40 248.6   >3j9q_A Sheath; pyocin, bacteriocin, sheath, structural protein; 3.50A {Pseudomonas aeruginosa}
PVCcif7 PAK_1975    PAK_01793   PAK_01793   5a3a    5a3a_A  50.8    6   0.00016 31.4    >5a3a_A SIR2 family protein; transferase, P-ribosyltransferase, metalloprotein, NAD-depen lipoylation, regulatory enzyme, rossmann fold; 1.54A {Streptococcus pyogenes} PDB: 5a3b_A* 5a3c_A*
PVClopT12   PAU_02101   PAU_02063   PAU_02063   4yap    4yap_A  31.1    20  0.00052 29.1    >4yap_A Glutathione S-transferase homolog; GSH-lyase GSH-dependent; 1.11A {Sphingobium SP} PDB: 4g10_A 4yav_A*
PVCpnf20    PAK_3524    PAK_03184   PAK_03184   1xju    1xju_A  99.4    4.1e-17 1.1e-21 98.8    >1xju_A Lysozyme; secreted inactive conformation, hydrolase; 1.07A {Enterobacteria phage P1} SCOP: d.2.1.3
PVClopt3    PAK_2090    PAK_01894   PAK_01894   3j9q    3j9q_A  99.9    1.8e-29 4.6e-34 215.9   >3j9q_A Sheath; pyocin, bacteriocin, sheath, structural protein; 3.50A {Pseudomonas aeruginosa}
PVClopT11   PAU_02102   PAU_02064   PAU_02064   1pqx    1pqx_A  37.4    13  0.00035 31.4    >1pqx_A Conserved hypothetical protein; ZR18,structure, autostructure,spins,autoassign, northeast structural genomics consortium; NMR {Staphylococcus aureus subsp} SCOP: d.267.1.1 PDB: 2ffm_A 2m6q_A 2m8w_A
PVCunit2_11 plu1698 PLT_01726   PLT_01726   3h2t    3h2t_A  96.8    8e-06   2.1e-10 82.6    >3h2t_A Baseplate structural protein GP6; viral protein, virion; 3.20A {Enterobacteria phage T4} PDB: 3h3w_A 3h3y_A
PVClumT9    afp10   PAU_02198   PAU_02198   4jiv    4jiv_D  69.6    1.6 4.2e-05 27.5    >4jiv_D VCA0105, putative uncharacterized protein; PAAR-repeat motif, membrane piercing, type VI secretion SYST vibrio cholerae VGRG2; HET: PLM STE ELA; 1.90A {Vibrio cholerae o1 biovar eltor}
PVCunit2_17 plu1692 PLT_01720   PLT_01720   3ggm    3ggm_A  54.2    4.9 0.00013 26.2    >3ggm_A Uncharacterized protein BT9727_2919; bacillus cereus group., structural genomics, PSI-2, protein structure initiative; 2.00A {Bacillus thuringiensis serovarkonkukian}

$ bashvar="2"
$ echo 'foo bar baz' | awk -v awkvar="$bashvar" '{print $awkvar}'
bar

field=1
awk -v a="$field" '
NR==FNR {
  o[FNR]=$a;
  next;
}

{ t[$1] = $0 }

END {
  for(x=1; x<=FNR; x++) {
    y=o[x]
    printf("%s\t%s\n", y, t[y])
  }
}' "$keyfile" "$filetosort"

#!/bin/bash

keyfile="$1"
filetosort="$2"
indexfield="$3"

paste "$keyfile" <(awk -v field="$indexfield" 'NR==FNR{o[FNR]=$field; next} {t[$1]=$0} END{for(x=1; x<=FNR; x++){y=o[x]; print t[y]}}' "$keyfile" "$filetosort")

PVCunit2_5  plu1704         PLT_01732   PLT_01732   4etv    4etv_A  39.0    12  0.00032 27.6    >4etv_A Ryanodine receptor 2; phosphorylation, cardiac, metal transport; 1.65A {Mus musculus}
PVCunit2_4  plu1705         PLT_01733   PLT_01733   3j9q    3j9q_A  99.9    7.2e-30 1.9e-34 219.0   >3j9q_A Sheath; pyocin, bacteriocin, sheath, structural protein; 3.50A {Pseudomonas aeruginosa}
XVC_pnf15   XBW1_RS06910    XBW1_RS06910    XBW1_RS06910    1fi0    1fi0_A  69.2    1.7 4.4e-05 22.8    >1fi0_A VPR protein, R ORF protein; helix, viral protein; NMR {Synthetic} SCOP: j.11.1.1
PVCcif7     PAU_01999       PAU_01967   PAU_01967   5a3a    5a3a_A  47.5    7.3 0.00019 30.9    >5a3a_A SIR2 family protein; transferase, P-ribosyltransferase, metalloprotein, NAD-depen lipoylation, regulatory enzyme, rossmann fold; 1.54A {Streptococcus pyogenes} PDB: 5a3b_A* 5a3c_A*
PVClumT15   PAU_02233       PAU_02192   PAU_02192   1tdp    1tdp_A  22.1    37.0    0.00096 27.2    >1tdp_A Carnobacteriocin B2 immunity protein; four-helix bundle, antimicrobial protein; NMR {Carnobacterium maltaromaticum} SCOP: a.29.8.1
XVC_pnf3    XBW1_RS06850    XBW1_RS06850    XBW1_RS06850    3eaa    3eaa_A  87.7    0.13    3.4e-06 35.7    >3eaa_A EVPC; T6SS, unknown function; 2.79A {Edwardsiella tarda}
PVCunit1_4  afp4            PAU_02778   PAU_02778   3j9q    3j9q_A  99.9    3.6e-29 9.5e-34 214.6   >3j9q_A Sheath; pyocin, bacteriocin, sheath, structural protein; 3.50A {Pseudomonas aeruginosa}
PVCunit2_3  plu1706         PLT_01734   PLT_01734   3j9q    3j9q_A  100.0   1.6e-34 4.3e-39 253.7   >3j9q_A Sheath; pyocin, bacteriocin, sheath, structural protein; 3.50A {Pseudomonas aeruginosa}
PVClumt17   PAK_2200        PAK_01998   PAK_01998   3k8p    3k8p_C  34.7    16.0    0.00041 34.1    >3k8p_C DSL1, KLLA0C02695P; intracellular trafficking, DSL1 complex, multisubunit tethering complex, snare proteins; 2.60A {Kluyveromyces lactis}
PVClopT12   PAU_02101       PAU_02063   PAU_02063   4yap    4yap_A  31.1    20  0.00052 29.1    >4yap_A Glutathione S-transferase homolog; GSH-lyase GSH-dependent; 1.11A {Sphingobium SP} PDB: 4g10_A 4yav_A*