遍历文件以查找字符串，并将包含该字符串的文件发送到bash中同名的目录

我有一个包含约500个文件的父目录，每个文件名以

cert

开头，即

cert-104.mol2

，

cert-105.mol2

等等。这些

cert

文件中的每个文件都包含一个七位数的标识符，即

7988114

。大约有20个唯一的七个数字标识符。我创建了一个目录（

unique_ligands

），其中包含每个唯一标识符的目录，即名为

7988114

的目录。每个目录中都有一个带有标识符名称的

.mol2

文件，即

7988114.mol2

。总之，文件结构如下所示：

/parent/unique_ligands/7988114/7988114.mol2

其中7988114是约20个唯一标识符之一

在包含约500个文件的父目录中，我需要遍历每个证书文件，找出唯一的七号标识符，并将其发送到相应的

identifier.mol2

文件。作为一个bash脚本的初学者，我不确定如何处理这个问题。我为单个标识符编写了执行此过程的代码，

7988114

：

find . -type f -name 'cert*' -exec grep -q '7988114' {} ';' -exec cp {} ./unique_ligands/7988114 ';'
cd unique_ligands/7988114
bash -c 'cat $(for((i=0;i<10000;i++)); do echo -n "cert-${i}.mol2 "; done) > zzz.txt 2> ./null'
mv zzz.txt 7988114.mol2
rm null
rm cert*

find-键入f-name'cert*'-exec grep-q'7988114'{}'；'-exec cp{}./unique_配体/7988114'；'
cd独特的_配体/7988114
bash-c'cat$（用于（（i=0；i zzz.txt 2>）/null'
mv zzz.txt 7988114.mol2
rm null
rm证书*

我怎样才能把它变成一个循环，能够识别出任何七个数字的标识符？或者有更好的方法来实现这一点吗

编辑

要澄清以上示例代码中每一行的作用：

find…

这一行搜索以文件名

cert

开头的所有~500个文件，并挑选出其内容包含字符串

7988114

的文件，并将其复制到正确的

7988114

目录。每个

cert

文件包含~100行分子坐标、信息关于费用等等

bash-c…

这行循环遍历复制到

7988114

目录中的每个

cert

文件，并将文件内容添加到一个新的文本文件

zzz.txt

。每个

cert

文件的名称类似于

cert-1.mol2

，

cert-2.mol2

等等。这对我来说至关重要行搜索每个

cert

文件，从1一直到上限10000，然后按顺序将它们添加到

zzz.txt

。我发现的其他示例不是按顺序搜索，就是在查看

cert-2*

文件之前先查看了

cert-1*

文件

---

mv zzz.txt 7988114.mol2

由于某种原因，我不允许创建上面的

7988114.mol2

文件，所以我在这里创建了它

这里是我找到如何回答上面我自己问题的一种方法（在上面用户Sheller的帮助和启发下-谢谢！）：

ls-l|grep^d|awk'{print$9}>list_-ligands.txt
mv list_of_ligands.txt。。
光盘
读名字的时候
做
回显“$NAME”
grep-l“$NAME”证书*| while read-r文件名；do
cp$filename唯一_配体/$NAME
cd唯一_配体/$NAME
bash-c'cat$（用于（（i=0；i zzz.txt 2>）/null'
mv zzz.txt$NAME.mol2
rm null
rm证书*
cd../。。
完成
完成

正如我在第一个问题中提到的，我之前为每个7号标识符创建了一个目录。

ls-l

行选择目录名，并创建目录名的垂直列表（这也是我拥有的每个7号标识符）

---

两个

while

循环遍历我拥有的每个7个数字标识符，并执行我在初始问题中提到的命令。

读取配体时；请查找/path/to/corrct/place/to/start\u look…-cp…“$配体”…；cd唯一配体/“$配体”；bash…${配体}；mv..“${配体}”.mol2；rm null；rm cert*；done

这需要一些工作，所以一定要设置一个小的测试环境。另外，您是否真的想要

2>/dev/null

，那么您就不需要

rm null

。祝您好运。感谢您的提示-我尝试使用了2>/dev/null，但始终得到一个错误，说它没有存在。我检查了，它确实存在。半个小时后，我进行了一次毫无结果的搜索，我只是做了一个变通。你从

uname-srv

中得到了什么？是的，你原来的

2>/null；…；rm./null

在这个限制下很好，但这将是第一次！祝你好运。下面是我得到的：

uname-srv

Linux4.15.0-55-generic#60 Ubuntu SMP Tue Jul 2 18:22:20 UTC 2019

Arg，没有理由使用所有这些

bash-c

东西。请给我看

uname-srv

和

echo$bash\u版本的输出。脚本的第一行应该是
！/bin/bash
。这告诉操作系统使用什么程序来处理文件的其余部分。然后你就可以使用
for（（i=0；i zzz.txt
。祝你好运。很高兴你找到了它！祝你好运！（但请注意我对你从上面
bash-c
开始的代码行的评论，你在使用
bash-c
）浪费周期（这可能不会对你的运行时间造成太大影响），但养成低效的习惯是不好的，当你真的需要做点什么的时候，你只会得到piz；-）。继续发帖，祝你好运。
ls -l | grep ^d | awk '{print $9}' > list_of_ligands.txt
mv list_of_ligands.txt ..

cd ..

while read NAME
do
        echo "$NAME"
        grep -l "$NAME" cert* | while read -r filename ; do
        cp $filename unique_ligands/$NAME
        cd unique_ligands/$NAME
        bash -c 'cat $(for((i=0;i<10000;i++)); do echo -n "cert-${i}.mol2 "; done) > zzz.txt 2> ./null'
        mv zzz.txt $NAME.mol2
        rm null
        rm cert*
        cd ../..
done
done < list_of_ligands.txt