Bash 使用更多时产生神秘的冒号字符串

我试图在一组文件上运行一些生物信息学软件，但当我使用slurm提交时，该工具意外失败，显然是由于输入文件列表的交付不当。如果我在命令行上运行它，它似乎可以工作。我在下面替换了一些玩具文件名，因为实际名称很长。该工具称为RMAS，但该工具本身与我的问题无关

我使用.sbatch文件从命令行向集群提交作业，如下所示：

sbatch job.sbatch group1.txt group2.txt

其中，两个文本文件包含以逗号分隔的数据文件列表。在.sbatch文件中，我将变量传递给生物信息学工具，如下所示：

#!/bin/bash
#SBATCH --time=00:00:20
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH -o ./o.%j
#SBATCH --err ./e.%j
#SBATCH --account=owner-guest
#SBATCH --partition=server-guest

bioinfotool.py -arg1 `more group1.txt` -arg2 `more group2.txt`

我这样做是因为生物信息学工具显然无法直接解析文本文件

然而，它仍然不起作用，我认为这是由于我使用了backticks和more命令。我尝试通过添加echo语句进行调试

echo `more group1.txt`

输出应该是

sample1.bam,sample2.bam,sample3.bam

然而，实际输出是

:::::::::::::: group1.txt :::::::::::::: sample1.bam,sample2.bam,sample3.bam

因此，在我看来，这个莫名其妙的逗号字符串+文件名+逗号字符串在传递给生物信息学工具之前，就被预先添加到了我的文件列表中

在谷歌上搜索诸如“逗号串”+slurm之类的东西都是徒劳的，所以我不得不提出我自己的问题

这些逗号是从哪里来的？有没有更好的方法从txt文件中提取文件名字符串

谢谢

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编辑：使用“cat”而不是“more”可以解决问题

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是一个交互式程序，您看到的冒号很可能是冒号

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用来表示需要用户输入的冒号

如果您只想转储文件内容，

cat

是您所需要的：

bioinfotool.py -arg1 `cat group1.txt` -arg2 `cat group2.txt`

您也可以直接从终端运行此命令，

cat group1.txt

，以查看您得到的结果

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注意：在像Bash这样的Bourne shell中，您可以`$（cat group1.txt）而不是使用backticks，这允许嵌套和其他一些选项，但在您的用例中这不重要。

感谢您的澄清。我忘记了

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的交互功能，因为我的文本文件只有几行。知道为什么这只发生在slurm上下文中而不是从命令行中吗？@user74117没问题，欢迎您。请注意，这样就不需要感谢您的评论，但a+1（向上箭头）总是很受欢迎的。