将bash脚本合并到R包中？ 背景

我正在写一个R包来支持可复制的研究。此时，工作流主要由bash脚本连接在一起，我可以通过发送一个命令来运行分析，如

/runscript.sh

。我使用bash实现以下功能：

文件操作

tar

，

rsync

，“重命名”

本地运行bash文件并通过

ssh

使用调用R函数的

R--

运行R脚本

使用

sed查找并替换文件中的文本

通过

qsub提交作业

在我看来，从R函数或R脚本执行整个工作流将更加高效（更干净、更容易）。我偏爱R，因为我更熟悉它，并且主要在emacs ESS中工作

问题

使用

系统

和

文件

函数将bash的所有这些用法封装在R中是否值得

还有其他我还没有发现的R包对这项工作有帮助吗

笔记

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根据Al3xa的回答，我意识到需要注意的是，在1000-2000文件上使用tar和gsub的eg.R vs bash版本的速度损失可能小于工作流中当前的速率限制步骤：通过JAGS（~10-20min）和FORTRAN（>4hr）进行计算，

gsub

等等。无论如何，我想您愿意创建一个跨平台解决方案。为了提高速度，您应该更喜欢bash，并且只在特定于R的函数中使用R。我不认为将所有基于系统的命令包装在

system

和/或

文件中是有用的。*

。。。它会慢得多。。。如果您使用的是Linux，我建议您使用

littler

而不是

Rscript

接口。

我非常喜欢使用R作为“集成”环境而不是bash脚本。我正在将所有bash和ruby脚本移动到Rscript，因为我需要对它们进行更改

只有几个理由不让我想到的一切都进入R。我主要指的是使用Rscript来实现这一点

1） 速度，从我的测试来看，在我遇到的任何情况下，速度都是一个中等的影响，相对于您提到的时间来说，速度是微不足道的

2） 可移植性，即Rscript等的路径在不同系统中可能不同。我在OSX上写东西并将它们移动到Linux服务器上没有问题，但在Windows上可能会崩溃

我书中的优点是：

1） 我写起来容易多了。我不必在条件语句和for循环之类的细微特性之间来回切换

2） 更加宽容。我无法描述我花了多少时间试图让bash脚本工作，因为我不小心有了一个我不应该有的空间。在这方面，R要好得多（是的，当然，我们都应该完美地遵循R中的惯例，但如果我不这么做，我宁愿它不会让我耽误几个小时）

3） 我的工作做得更好。对于

tar

一个文件来说，这并不重要，但我发现我在R中比在

awk/sed

中做得更好

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Re：有用的软件包——据我所知，这是不存在的，但我喜欢基于R的

make

版本。make的语法是最不灵活的（制表符vs空格？真的吗？）——我喜欢编写基于R的替代方案。总有一天，我会……

我不确定在1000-2000个文件上使用R vs bash版本的

tar

和

gsub

会对速度造成什么样的损失（尽管我可以测试这个），但目前工作流中的限速步骤是通过JAGS（~10-20min）和FORTRAN（>4hr）进行计算。