C 在R中使用自定义内存分配函数

我希望能够对R中的某些数据结构（实值向量和数组）使用我自己的内存分配函数。原因是我需要数据64位对齐，并且我希望使用控制哪个内存节点被使用（我正在使用四个12核AMD Opteron 6174 CPU的计算节点）

现在我有两个分配和释放内存的函数：

numa\u alloc\u onnode

和

numa\u free

（由提供）。我使用的是R版本3.1.1，因此我可以访问函数

allocVector3

（

src/main/memory.c

），在我看来，这是添加自定义内存分配器的预期方式。我还在

src/include/R\u ext

然而，我不清楚如何将这些片段组合在一起。比方说，在R中，我想要一个计算的结果

res

，比如

---

resR在
memory.c中有：

main/memory.c
84:#include <R_ext/Rallocators.h> /* for R_allocator_t structure */

main/memory.c
84:#包含/*用于R#U分配器结构*/

因此，我认为您还需要包含该头以获取自定义分配器（
RInternals.h
仅声明它，而不定义
结构
或包含该头）
我在解决问题方面取得了一些进展，我想与大家分享一下，以防其他人遇到类似情况。感谢凯文的评论。我错过了他提到的include声明。不幸的是，这只是众多问题中的一个

动态加载（“myAlloc.so”）
大小=大小；
返回（void*）numa\u alloc\u local（大小）；
}
void my_free（R_分配器_t*分配器，void*addr）{
大小\u t大小=（（分配器\u数据*）分配器->数据）->大小；
无单位（地址、大小）；
}
SEXP myAllocC（sexpa）{
分配器数据*我的分配器数据=malloc（sizeof（分配器数据））；
我的\u分配器\u数据->大小=0；
R_allocator_t*my_allocator=malloc（sizeof（R_allocator_t））；
my_分配器->mem_alloc=&my_alloc；
my_分配器->mem_free=&my_free；
my_分配器->res=NULL；
我的分配程序->数据=我的分配程序数据；
R_xlen_t n=asReal（a）；
SEXP result=PROTECT（allocVector3（REALSXP，n，my_分配器））；
解除保护（1）；
返回结果；
}

为了编译c代码，我使用了
R CMD SHLIB-std=c99-L/usr/lib64-lnuma myAlloc.c
。据我所知，这很好用。如果任何人有改进/修正，我很乐意将其包括在内

原始问题中的一个尚未解决的要求是对齐问题。由
numa\u alloc\u local
返回的内存块已正确对齐，但新
VECTOR\u SEXPREC
的其他字段（例如
sxpinfo\u struct
头）会向后推送数据数组的开始。有没有可能将这个起点（REAL（）返回的地址）对齐？
这是一个猜测：“我试图避免使用Rcpp，因为我正在修改一个相当大的包，不想转换所有C调用，并且认为混合使用不同的C接口可能会执行次优。”请以经验证明Rcpp会使代码变慢。对不起，我不想冒犯任何人，也不想暗示在这种情况下使用Rcpp是一个坏主意。如果有人知道如何使用Rcpp解决我的问题，我很乐意尝试一下。也许最好将最后一节表述为：“我没有看Rcpp，因为我正在修改一个不使用Rcpp的相当大的包。”更改是增量的。您可以只添加一个（新）函数，而不需要对包的其余部分进行任何更改。我尝试用Rcpp解决我的问题，但得到了一个尚不支持的
长向量
错误。我使用的是
Rcpp\u 0.11.3
。我是做错了什么，还是长向量实际上还不受支持？