C MPI聚集稀疏向量

嗨，我得到了boolcarray（sizeResults的大小）的结果，它非常稀疏，因为大多数值都是false。 我正在使用MPI_GATHER从所有工作人员收集此数组，但是这非常耗时

MPI_Gather(result, sizeResults, MPI_BYTE, result_final, sizeResults, MPI_BYTE, 0, MPI_COMM_WORLD);

有没有更有效的方法？

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谢谢

根据数组的稀疏程度，我可以想出几个。一个简单的方法是将布尔数组压缩成一个位数组，将其减小到原始大小的1/8

您可以做的其他事情：

与收集布尔值本身不同，

Gatherv

收集

true

值的索引。例如，如果进程具有数组

{T，F，F，F，F，T，F，F，T}

，那么它将发送数组

{0，6，9}

如果您想获得创造性，请将数组视为由段组成，其中段定义为一个

true

值，后跟所有

false

值，然后是下一个

true

值。使用上述示例，您的3个段将是

{T，F，F，F，F}

，

{T，F，F}

，和

{T}

。现在，您只需从每个进程

Gatherv

获取每个段的长度。公平地说，这通常并不比方法1更有效

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谢谢你的回答！如何在MPI中使用位数组？最后，我确实使用了一个缓冲区来发送和接收它们，方法与gatherv相同。你认为重新分配向量并使用gatherv发送它会花费更少的时间吗？事实上，方法1和方法2的效率完全相同（给定或获取预处理和后处理时间）并且存在一个连接两个向量的线性变换（主对角线下为

1

s，主对角线上为

0

s的下三角矩阵及其逆矩阵）。@iassael:MPI对位数组没有特定的支持，但是您可以简单地将一个作为

MPI\u字节的数组发送，它将完全按照原样到达。我无法告诉您，对于您的特定场景，这种方法比任何其他方法更好还是更差：您应该自己测量。@HristoIliev：我刚从一个超过12小时的工作日回来，所以这可能只是疲劳的说法，但我认为在某些边缘情况下，方法2可以更有效。假设可以保证
true
值以某种最小频率出现，那么段长度不可能存储在比数组索引更小的数据类型中（即
short
而不是
int
），从而导致更小的有效负载吗？这是完全有道理的。我说的是一般情况。请注意，使用
MPI\u Gatherv
将需要一个额外的聚集操作，然后再减少向量长度。对于高延迟通信系统，只需收集整个位向量可能更有意义。