Cluster computing 如何获得SGE工作状态

这可能是一个非常简单的问题，但如果我有工作ID，我将如何获得通过SGE提交的工作状态？我主要想检查作业ID，看看它是否处于错误状态、是否仍在运行或是否已完成

我在想这样的事情

qstat -u '*' | grep 123456

但是如果作业ID很低，它可能会返回我想要的以外的行。使用这样的命令

qstat -j '123456'

---

…似乎没有返回作业状态。

我已迁移到Torque/Maui，因此解决方案可能不适用于GridEngine

要使用

qstat

和

grep

请尝试基于单词的搜索：

qstat -u '*' | grep -w 123456

或者，使用

awk

qstat -u '*' | awk '$1 == 123456 { print }'

对于Toque/Maui，我可以使用

qstat-f$jobid

获取作业状态：

qstat -f 123456 | grep job_state

也许您可以使用

-j

选项执行类似操作：

qstat -j $job_id | grep job_state

发出命令：

qstat -xml

结果将以XML格式显示。您可以分析结果并提取状态：

<job_list state="pending">
  <JB_job_number>3150728</JB_job_number>
  <JAT_prio>0.00000</JAT_prio>
  <JB_name>snpReference</JB_name>
  <JB_owner>me</JB_owner>
  <state>hqw</state>
  <JB_submission_time>2016-11-23T11:54:01</JB_submission_time>
  <queue_name></queue_name>
  <jclass_name></jclass_name>
  <slots>1</slots>
</job_list>

3150728
0
SNP偏好
我
hqw
2016-11-23T11:54:01
1.

只需让您的正则表达式更加具体：

qstat | grep "^123456\s"

---

这样，您只会得到整个作业编号与您指定的作业编号相同的作业。

f选项似乎不起作用。它给出了一个错误，即jobID是无效选项。不过，它在

qstat-j

中运行良好。我确实在使用SGE 8.1.8。我将此更改回使用

-j

选项。对于我的qstat版本，似乎在使用

-j

选项时，它不会返回

作业状态

值。请发布示例输出。此外，还可以使用不同的标志更改输出格式。请参阅的“输出格式”部分。