Command line 如何从R脚本读取命令行参数？_Command Line_R_Parameters

Command line 如何从R脚本读取命令行参数？

command-line r parameters

Command line 如何从R脚本读取命令行参数？,command-line,r,parameters,Command Line,R,Parameters,我有一个R脚本，我希望能够为它提供几个命令行参数（而不是代码本身中的硬代码参数值）。该脚本在Windows上运行我找不到有关如何将命令行上提供的参数读入R脚本的信息。如果做不到，我会很惊讶，所以也许我只是没有在我的谷歌搜索中使用最好的关键字有什么建议吗？您需要（发音为'littler'）德克将在大约15分钟内赶到，详细说明；）有几点：命令行参数为可通过commandArgs（）访问，因此有关详细信息，请参阅帮助（commandArgs）概述您可以在所有平台（包括Windows）

我有一个R脚本，我希望能够为它提供几个命令行参数（而不是代码本身中的硬代码参数值）。该脚本在Windows上运行

我找不到有关如何将命令行上提供的参数读入R脚本的信息。如果做不到，我会很惊讶，所以也许我只是没有在我的谷歌搜索中使用最好的关键字

有什么建议吗？

您需要（发音为'littler'）

德克将在大约15分钟内赶到，详细说明；）

有几点：

命令行参数为可通过

commandArgs（）

访问，因此有关详细信息，请参阅

帮助（commandArgs）

概述

您可以在所有平台（包括Windows）上使用

Rscript.exe

。它将支持

commandArgs（）

。可以移植到Windows，但目前仅在OS X和Linux上使用

在CRAN和上有两个附加包，它们都是为命令行解析而编写的

2015年11月编辑：出现了新的备选方案，我衷心推荐。

就是您所需要的一切。这是一个最小的可重复的例子

我创建了两个文件：

exmpl.bat

和

exmpl.R

exmpl.bat

：

set R_Script="C:\Program Files\R-3.0.2\bin\RScript.exe"
%R_Script% exmpl.R 2010-01-28 example 100 > exmpl.batch 2>&1

或者，使用

Rterm.exe

：

set R_TERM="C:\Program Files\R-3.0.2\bin\i386\Rterm.exe"
%R_TERM% --no-restore --no-save --args 2010-01-28 example 100 < exmpl.R > exmpl.batch 2>&1

将两个文件保存在同一目录中，然后启动

exmpl.bat

。在结果中，您将得到：

```
example.png
```
带有一些绘图
```
exmpl.batch
```

您还可以添加环境变量

%R\u Script%

：

"C:\Program Files\R-3.0.2\bin\RScript.exe"

并在批处理脚本中使用它作为

%R\u Script%获取详细信息）
Rscript
如果要将命令写入输出文件，则需要.R文件中的选项（echo=TRUE）
将以下内容添加到脚本顶部：
args<-commandArgs(TRUE)

如果您的参数是带有空格的字符串，请用双引号括起来。
在bash中，您可以构造如下命令行：

$ z=10
$ echo $z
10
$ Rscript -e "args<-commandArgs(TRUE);x=args[1]:args[2];x;mean(x);sd(x)" 1 $z
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
[1] 5.5
[1] 3.027650
$

$z=10
$echo$z
10
$Rscript-e“argsFYI：有一个函数args（），用于检索R函数的参数，不要与名为args的参数向量混淆。如果希望事情变得更好，请尝试库（getopt）…例如：
spec <- matrix(c(
        'in'     , 'i', 1, "character", "file from fastq-stats -x (required)",
        'gc'     , 'g', 1, "character", "input gc content file (optional)",
        'out'    , 'o', 1, "character", "output filename (optional)",
        'help'   , 'h', 0, "logical",   "this help"
),ncol=5,byrow=T)

opt = getopt(spec);

if (!is.null(opt$help) || is.null(opt$in)) {
    cat(paste(getopt(spec, usage=T),"\n"));
    q();
}

spec如果需要指定带有标志的选项（如-h、-help、-number=42等），可以使用R包optpasse（受Python启发）：

至少我是这样理解你的问题的，因为我是在寻找bash getopt、perl getopt或python argparse和optparse的等价物时发现这篇文章的。
我只是整理了一个很好的数据结构和处理链来生成这种切换行为，不需要库。我确信它已经在nume中实现了罗斯重复了好几次，偶然发现了这条线索，想找些例子——我想我会插手的
我甚至不特别需要标志（这里唯一的标志是调试模式，如果（！exists（debug.mode））{…}否则{print（variables）}）
，则创建一个变量，作为启动下游函数的条件，我会检查该变量。下面的标志检查lappy
语句产生如下结果：
if ("--debug" %in% args) debug.mode <- T
if ("-h" %in% args || "--help" %in% args) 

请注意，在flag.details
中，命令存储为字符串，然后使用eval（parse（text=“…”）
进行计算。OPTPASE显然适用于任何严肃的脚本，但有时代码的最低功能也很好
样本输出：
$ Rscript check_mail.Rscript --help
--debug Print  variables rather than executing function XYZ...

-h  --help  Display flag definitions
$Rscript--帮助
--调试打印变量而不是执行函数XYZ。。。
-h—帮助显示标志定义因为在回答中多次提到了optparse
，它为命令行处理提供了一个全面的工具包，下面是一个简单的示例，说明如何使用它，假设输入文件存在：
script.R:
Rscript script.R-n blah.txt
输出[1]“69”

Rscript script.R-n-f5 blah.txt
输出[1]”115“
情况几乎肯定不是这样。只有函数才能屏蔽函数。创建与函数同名的变量不会屏蔽函数。参考这个问题和答案：是的，它并没有掩盖它。一般来说，我尽量避免使用R中已经存在的名称命名函数和变量。这只在我使用argsdo时起作用。您需要--args在arg1之前？@philcolbourn noa，并且您需要设置rscript可执行文件的位置
if ("--debug" %in% args) debug.mode <- T
if ("-h" %in% args || "--help" %in% args) 

args <- commandArgs(TRUE)

flag.details <- list(
"debug" = list(
  def = "Print variables rather than executing function XYZ...",
  flag = "--debug",
  output = "debug.mode <- T"),
"help" = list(
  def = "Display flag definitions",
  flag = c("-h","--help"),
  output = "cat(help.prompt)") )

flag.conditions <- lapply(flag.details, function(x) {
  paste0(paste0('"',x$flag,'"'), sep = " %in% args", collapse = " || ")
})
flag.truth.table <- unlist(lapply(flag.conditions, function(x) {
  if (eval(parse(text = x))) {
    return(T)
  } else return(F)
}))

help.prompts <- lapply(names(flag.truth.table), function(x){
# joins 2-space-separatated flags with a tab-space to the flag description
  paste0(c(paste0(flag.details[x][[1]][['flag']], collapse="  "),
  flag.details[x][[1]][['def']]), collapse="\t")
} )

help.prompt <- paste(c(unlist(help.prompts),''),collapse="\n\n")

# The following lines handle the flags, running the corresponding 'output' entry in flag.details for any supplied
flag.output <- unlist(lapply(names(flag.truth.table), function(x){
  if (flag.truth.table[x]) return(flag.details[x][[1]][['output']])
}))
eval(parse(text = flag.output))

$ Rscript check_mail.Rscript --help
--debug Print  variables rather than executing function XYZ...

-h  --help  Display flag definitions
library(optparse)

option_list <- list(
  make_option(c("-n", "--count_lines"), action="store_true", default=FALSE,
    help="Count the line numbers [default]"),
  make_option(c("-f", "--factor"), type="integer", default=3,
    help="Multiply output by this number [default %default]")
)

parser <- OptionParser(usage="%prog [options] file", option_list=option_list)

args <- parse_args(parser, positional_arguments = 1)
opt <- args$options
file <- args$args

if(opt$count_lines) {
  print(paste(length(readLines(file)) * opt$factor))
}

Usage: script.R [options] file


Options:
        -n, --count_lines
                Count the line numbers [default]

        -f FACTOR, --factor=FACTOR
                Multiply output by this number [default 3]

        -h, --help
                Show this help message and exit