Containers 输入在slurm作业中运行的singularity容器

我正在运行以下

job\u script.sh

：

#!/bin/bash

singularity --debug run --app ${APP} \
                             --bind "vol/on/host":"vol/on/container" \
                             ${IMG_DIR}/${IMG_NAME}

使用

sbatch

命令（这是长时间运行的作业）：

我想要实现的是在运行容器中执行命令，该容器在以下slurm作业中运行：

$ squeue -u $USER
JOBID     ARRAY_TASKPARTITION NAME                                  USER      STATE     NODELIST(REASON) CPUS  NODES TRES_PERSTART_TIME            TIME
7988346   N/A       defq      rstudio                               myuser  RUNNING   nc023            1     1     N/A     2019-11-25T06:23:32   2:38:03

---

当使用

singularity exec

或

singularity run

时，您正在生成一个进程，不幸的是，您无法在与

docker run…

相同的上下文中运行其他进程

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但是，如果使用

singularity instance启动某个\u实例\u名称

，则可以执行此操作。之后，您可以使用

singularity shell

或

singularity exec

访问与正在运行的作业相同的环境

太好了！它终于起作用了：

singularity instance.start-->ssh
$ squeue -u $USER
JOBID     ARRAY_TASKPARTITION NAME                                  USER      STATE     NODELIST(REASON) CPUS  NODES TRES_PERSTART_TIME            TIME
7988346   N/A       defq      rstudio                               myuser  RUNNING   nc023            1     1     N/A     2019-11-25T06:23:32   2:38:03