Database 使用bash脚本从联机数据库下载文件
我想从在线数据库下载一些文件,但它不允许我一次下载所有文件。相反,它提供下载一个搜索关键字的文件。因为我有超过20000个关键词,这对我来说是不可行的。 例如,我想从下载有关miRNA mRNA相互作用的全部信息,但它不提供一次下载所有信息的选项。Database 使用bash脚本从联机数据库下载文件,database,r,bash,curl,wget,Database,R,Bash,Curl,Wget,我想从在线数据库下载一些文件,但它不允许我一次下载所有文件。相反,它提供下载一个搜索关键字的文件。因为我有超过20000个关键词,这对我来说是不可行的。 例如,我想从下载有关miRNA mRNA相互作用的全部信息,但它不提供一次下载所有信息的选项。 我想知道,我如何通过编写脚本来下载它。有人能帮我吗?制作一个名为getdb.sh的文件 #!/bin/bash echo "Download keywords in kw.txt." for kw in $(cat kw.txt) do cu
我想知道,我如何通过编写脚本来下载它。有人能帮我吗?制作一个名为getdb.sh的文件
#!/bin/bash
echo "Download keywords in kw.txt."
for kw in $(cat kw.txt)
do
curl http://www.mirbase.org/cgi-bin/get_seq.pl?acc=$kw > $kw.txt
done
创建另一个名为kw.txt的文件:
MI0000342
MI0000343
MI0000344
然后运行这个
$ chmod +x getdb.sh
$ ./getdb.sh
Download keywords in kw.txt.
$ ls -1 *.txt
kw.txt
MI0000342.txt
MI0000343.txt
MI0000344.txt
另一种方式
cat kw.txt |xargs -i curl -o {}.txt http://www.mirbase.org/cgi-bin/get_seq.pl?acc={}
请提供要下载的其中一个数据库的URL。我不知道mRNA是什么…:)@杰西,这是网址:请转到你想下载的数据库。右键单击超链接并执行“复制URL”。这就是我感兴趣的网址。我们可以做到这里有一个例子:
http://www.mirbase.org/cgi-bin/get_seq.pl?acc=MI0000342
,但我不知道这是否是您要下载的内容。@BMW,有没有办法回滚您的编辑?我向OP提供了示例URL,以便他们知道要查找什么。OP还没有获得确切的下载URL。