如何在perl脚本中将docker图像作为参数传递

我对码头工人的世界还不熟悉。我创建了一个docker映像来运行samtools。我有一个执行samtools的perl脚本，变量如下所示：

my $SAMTOOLS_BIN = "samtools";

在这种情况下，将执行系统中安装的samtools版本

是否有一种方法可以将docker映像作为变量传递

my $SAMTOOLS_BIN = "docker_image";

---

在Perl中，可以使用许多机制来运行外部程序（例如

system

命令、backticks和

open（）

）。我假设您的

system\u p（）

子例程使用以下方法之一

可以在shell命令行上作为命令运行的任何东西都可以在Perl中使用这些机制启动。您只需要了解正确的命令是什么

用于运行Docker容器的命令可能是

Docker run[container\u name]

（后面跟着一些选项）。一旦确定了需要哪些选项，就只需将该字符串传递给

system（）

命令（或您正在使用的任何机制）

---

我想你是从Docker Hub那里得到你的Docker图像的。那里有很多samstools图像，所以我不确定您使用的是哪一个。但是，关于您正在使用的图像的页面（例如）可能会有关于如何运行它的有用信息。

在Perl中，您可以使用许多机制来运行外部程序（例如，

system

命令、backticks和

open（）

）。我假设您的

system\u p（）

子例程使用以下方法之一

可以在shell命令行上作为命令运行的任何东西都可以在Perl中使用这些机制启动。您只需要了解正确的命令是什么

用于运行Docker容器的命令可能是

Docker run[container\u name]

（后面跟着一些选项）。一旦确定了需要哪些选项，就只需将该字符串传递给

system（）

命令（或您正在使用的任何机制）

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我想你是从Docker Hub那里得到你的Docker图像的。那里有很多samstools图像，所以我不确定您使用的是哪一个。但是，关于您正在使用的图像的页面（例如）可能会有关于如何运行它的有用信息。

如果没有看到脚本，我们将帮不了您多少忙。它与变量有什么关系？变量用于执行samtools:

system\u p（$samtools\u BIN，“sort”、'-@'，6、“-f”、$bam\u fn、$sortbam\u fn）基本上，我希望使用与系统中安装的samtools不同的版本来运行我的perl脚本。因此，我考虑为samtools创建一个docker映像，并将docker映像作为变量传递。我在想，在perl脚本中是否有运行这个docker映像的方法。
system\p
不是标准的perl函数。不过，一般来说，应该可以从命令行运行任何可以运行的东西。不过，我不确定如何使用docker映像来实现这一点——如果可能的话。我没有找到任何类似的命令。如果要运行的命令打包在Docker映像中，则无法直接运行该命令，并且需要具有与root等效的权限才能启动可以运行该命令的容器。如果可以的话，我更喜欢在主机上运行这个版本。如果没有看到脚本，我们帮不了你多少忙。它与变量有什么关系？变量用于执行samtools:
system\u p（$samtools\u BIN，“sort”、'-@'，6、“-f”、$bam\u fn、$sortbam\u fn）基本上，我希望使用与系统中安装的samtools不同的版本来运行我的perl脚本。因此，我考虑为samtools创建一个docker映像，并将docker映像作为变量传递。我在想，在perl脚本中是否有运行这个docker映像的方法。
system\p
不是标准的perl函数。不过，一般来说，应该可以从命令行运行任何可以运行的东西。不过，我不确定如何使用docker映像来实现这一点——如果可能的话。我没有找到任何类似的命令。如果要运行的命令打包在Docker映像中，则无法直接运行该命令，并且需要具有与root等效的权限才能启动可以运行该命令的容器。如果可以的话，我更喜欢在主机上运行这个版本。