Dynamic DNA汉明距离

如果我将DNA表示为二进制值，那么计算它们之间距离的最佳方法是什么

So : A = 00, T = 11, G = 01 and C = 10

ATGC

和

TAAC

之间的汉明距离为3，但它们的二进制表示给出了不同的答案：

00110110

和

11000010

=5的汉明距离

---

如果以这种方式表示DNA碱基，那么距离计算的最佳方式是什么？

您可以使用二进制操作来执行类似操作（在Java中，但您可以在任何语言中应用逻辑）：

这样做的目的是获得与以下内容不同的总位数：

seq1^seq2

但是你还不能仅仅计算比特数，因为你会得到汉明距离，所以你必须使用：

（pseudoDist&0xaaaaaa>>1）

和

pseudoDist&0x555555

将所有对应于同一核苷酸的比特压缩为同一比特。第一个保持位在偶数位置，第二个保持位在奇数位置

---

现在，您可以使用

evenBits | oddBits

，并可以计算位。

您可以使用二进制操作来执行类似操作（在Java中，但您可以在任何语言中应用逻辑）：

这样做的目的是获得与以下内容不同的总位数：

seq1^seq2

但是你还不能仅仅计算比特数，因为你会得到汉明距离，所以你必须使用：

（pseudoDist&0xaaaaaa>>1）

和

pseudoDist&0x555555

将所有对应于同一核苷酸的比特压缩为同一比特。第一个保持位在偶数位置，第二个保持位在奇数位置

---

现在您使用

evenBits | oddBits

，您可以计算位。

该代码是用Java编写的，

finalDist

给出了答案。我刚刚将

00110110

和

11000010

转换为用Java编写的十进制代码，

finalDist

给出了答案。我刚刚将

00110110

和

11000010

转换为十进制

int seq1 = 54, seq2 = 194;//ATGC and TAAC
int evenBit = 0xAAAAAAAA, oddBit = 0x55555555;

int pseudoDist = seq1 ^ seq2;
int dist = (pseudoDist&evenBit)>>1;
dist |= pseudoDist&oddBit;
int finalDist = Integer.bitCount(dist);//output 3