Git部署带有子模块的钩子ec2

我在运行节点应用程序的aws上创建了一个实例。我安装了supervisord以保持节点应用程序正常运行。部署通过带有deploment钩子的git进行\

结构如下：

    --- root
      |
      |--repo |-- hooks
      |       |-- branches
      |       |-- etc.
      |
      |--app

post receive挂钩如下所示

    #!/bin/sh
    GIT_WORK_TREE=/home/ubuntu/app
    GIT_DIR=/home/ubuntu/repo
    export GIT_WORK_TREE
    export GIT_DIR

    git checkout -f

    echo 'Update sub modules.'
    git submodule init && git submodule sync && git submodule update

    echo 'Install dependencies.'
    cd $GIT_WORK_TREE && sudo rm -rf node_modules && sudo npm install

    echo 'Restart app'
    sudo supervisorctl restart node

每件事都很好，但当我开始在我的回购协议中使用子模块时，我无法提取该模块并得到此消息。我得到了这个信息：

您需要从工作树的顶层运行此命令

我的安装基于

我的配置设置

    core.repositoryformatversion=0
    core.filemode=true
    core.bare=false
    core.worktree=/home/ubuntu/app
    receive.denycurrentbranch=ignore

如何解决此问题

提前谢谢