Grep 翻阅巨大的文件

我想使用grep根据每行一个元素中的元素列表过滤文件B。我的目标是保留列表A中出现的B行。两个文件都是有序的

我用的是这样的东西：

grep -f A B

问题是文件B有几百万行长，而文件A包含超过一百万个元素

这是最快的方式还是有更有效的选择

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谢谢

如果您搜索的是字符串而不是正则表达式，那么fgrep或grep-F会更快。如果这两个文件都有整行，而且它们是有序的，那么在它们上运行comm或diff可能会更好。

必须是grep吗？将您的内容分为grep和非grep字符串可能是值得的。字符串搜索至少在用C完成时要快x15左右。您好，谢谢您的回复。我没有C-grep的经验，这是我们在生物信息学理学硕士课程上所说的……那么，你有没有尝试过运行这个？它可能已经足够快了，如果它很慢，那么我会问你有多少字符串需要grep信息，有多少只是裸字符串搜索？不，我还没有尝试过。我正在集群上运行我的分析，我有点担心系统过载。但是你刚才说的很让人放心，所以我会试试，明天再给你回复。谢谢