从java运行本机MPI代码

我正在尝试从java运行一个简单的本机mpi代码，这是我以后在项目中需要的。我正在使用Ubuntu。 我有：

HelloJNI.java

public class HelloJNI {
 static {
   System.loadLibrary("hello");
 }

 private native void sayHello();

 public static void main(String[] args) {
   new HelloJNI().sayHello();  // invoke the native method
 }
}

头文件：

 JNIEXPORT void JNICALL Java_HelloJNI_sayHello (JNIEnv *, jobject);

JNIEXPORT void JNICALL Java_HelloJNI_sayHello(JNIEnv *env, jobject     thisObj) {
printf("Hello World- MPI from C!\n");
MPI_Init(NULL, NULL);
int world_size;
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &world_size);
int world_rank;
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &world_rank);
char processor_name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME];
int name_len;
MPI_Get_processor_name(processor_name, &name_len);
printf("Hello world from processor %s, rank %d"
      " out of %d processors\n",
      processor_name, world_rank, world_size);
MPI_Finalize();
}

C源文件：

 JNIEXPORT void JNICALL Java_HelloJNI_sayHello (JNIEnv *, jobject);

JNIEXPORT void JNICALL Java_HelloJNI_sayHello(JNIEnv *env, jobject     thisObj) {
printf("Hello World- MPI from C!\n");
MPI_Init(NULL, NULL);
int world_size;
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &world_size);
int world_rank;
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &world_rank);
char processor_name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME];
int name_len;
MPI_Get_processor_name(processor_name, &name_len);
printf("Hello world from processor %s, rank %d"
      " out of %d processors\n",
      processor_name, world_rank, world_size);
MPI_Finalize();
}

我遵循了本教程：

我可以通过make文件创建共享库，该文件是：

INCLUDE1 = /usr/lib/java/jdk1.8.0_45/include
INCLUDE2 = /usr/lib/java/jdk1.8.0_45/include/linux
MPI_INCLUDE = /home/openmpi-1.8.5/ompi/include
JAVAHPATH = /usr/lib/java/jdk1.8.0_45/bin
MPICC = /home/openmpi-1.8.5/bin/mpicc
# Define a variable for classpath
CLASS_PATH = ../bin

# Define a virtual path for .class in the bin directory
vpath %.class $(CLASS_PATH)

all : libhello.so

# $@ matches the target, $< matches the first dependancy
libhello.so : HelloJNI.o
${MPICC} $< -L/home/openmpi-1.8.5/lib -lmpi -shared -fpic -o $@ -Wl,-   rpath=/home/openmpi-1.8.5/lib 

# $@ matches the target, $< matches the first dependancy
HelloJNI.o : HelloJNI.c HelloJNI.h
${MPICC} -fpic -I$(INCLUDE1) -I$(INCLUDE2) -I$(MPI_INCLUDE) -c $< -o $@

# $* matches the target filename without the extension
HelloJNI.h : HelloJNI.class     
    $(JAVAHPATH)/javah -classpath $(CLASS_PATH) $*


clean :
      rm HelloJNI.h HelloJNI.o libhello.so

到目前为止，我已经从命令行和使用eclipse尝试了各种方法，包括： 使用Eclipse：

• 在运行配置的VM参数中通过-Djava.library.path添加了共享库路径
  • 也可以通过LD_LIBRARY_路径，如在环境和bashrc中一样
  • 在makefile中，我尝试使用mpicc编译共享库
  • 我还将mpi.jar添加到项目中

使用命令行：

• javac-cp/home/s3050004/Downloads/openmpi-1.8.5/lib/mpi.jar HelloJNI.java
• java-Djava.library.path=/home/workspace/HelloJNI/jni:/home/openmpi-1.8.5/lib-cp/home/openmpi-1.8.5/lib/mpi.jar:/home/workspace/HelloJNI/src HelloJNI

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在命令行中，我尝试执行与eclipse中相同的操作，eclipse指定共享库的路径，mpi库也指定了mpi.jar，并尝试运行HelloJNI，但我得到了相同的错误。我不知道我为什么会犯这些错误，我想知道我为什么会犯这些错误。我将非常感谢您对此提出的任何建议或想法。

看起来java无法加载libhello.so的所有依赖项

请检查ldd是否可以加载依赖项：

ldd libhello.so

如果没有,

为openmpi库创建符号链接

ldconfig-n包含openmpi.so文件的文件夹

将该路径添加到LD_LIBRARY_路径

然后再试一次

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一旦它开始通过ldd加载，它将从java开始工作。

它已经修复，OpenMPI有问题，我已经用重新安装和配置了它，并且它工作了：

--enable-shared --enable-static 

---

感谢konstantin的回复，我已经修复了它，这是OpenMPI的问题，我已经重新安装并配置了：

--启用共享--启用静态