Java 使用位操作运算符进行位格式转换

我有一点转换的问题，我有点挣扎。一点背景知识。。。处理一些计算生物学问题，因此需要超快速（处理海量数据集）。基本上，我有以下SNP的位表示，我想写一些掩码/和/异或/等操作，以便我可以快速地从一个表示转换到下一个表示：

00->100

01->010

11->001

因此，例如00010111应该转换为100010010001。我将这些位存储在一个相当大的java.util.BitSet中，我希望能够使用位运算符将它们转换为新格式

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欢迎任何帮助

我会使用查找表。一次获取16位，然后在包含24位条目的64K表中查找它们

int[] table = new int[65536];
table[0] = 0b100100100100100100100100;
table[1] = 0b100100100100100100100010;
...
table[65535] = 0b001001001001001001001001;
BitSet output = new BitSet();
for (int i = 0; i < length; i += 16) {
    int x = (input.get(i) ? 1 : 0)
          + (input.get(i+1) ? 2 : 0)
          ...
          + (input.get(i+15) ? 32768 : 0);
    int y = table[x];
    output.set(i/16*24, (y & 1) != 0);
    output.set(i/16*24 + 1, ((y>>1) & 1) != 0);
    ...
    output.set(i/16*24 + 23, ((y>>23) & 1) != 0);
}

int[]table=newint[65536]；
表[0]=0B100100；
表[1]=0B100100010；
...
表[65535]=0B001001；
位集输出=新位集（）；
对于（int i=0；i>1）&1）！=0）；
...
输出设置（i/16*24+23，（（y>>23）和1）！=0）；
}

您需要详细描述转换的工作原理。模式匹配？流动？我们需要更多信息。你试过什么？这些字是否大于64位？如果是这样的话，我不确定您是否会对基于操作的解决方案感到满意。你试过了吗？好的，现在我正在手动操作，比如每两个比特加上3个比特，再加上一个单独的比特集。然而，这个过程相当缓慢。我一直在尝试修改该过程，以允许我立即对entier位集执行某些按位操作，从而生成新格式。您是否运行了探查器？我建议您在重新设计任何东西之前尝试一下，只是为了确保没有任何有趣的事情会影响性能。我最喜欢的免费软件是jvisualvm。另一个想法是使用查找表进行位转换。如果速度仍然很慢，甚至可以扩展查找表，将每个4位扩展为6位，以此类推。