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Javascript matplotlib的交互式_独立u输出_Javascript_Python_Svg_Matplotlib_Visualization - Fatal编程技术网

Javascript matplotlib的交互式_独立u输出

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我喜欢matplotlib创建的绘图,将它们保存为SVG的选项非常好,但是


我希望能够将图形保存为SVG,并附带javascript代码,以增加某种程度的交互性。对于散点图中的每个数据样本,我想在工具提示中显示一些信息。有没有办法做到这一点?或者您将如何完成这样一件事?

这是非常简单的使用。
您需要做的是创建两个文件

  • 包含节点和边缘信息的文件(文件1)
  • 包含工具提示信息的文件(文件2)
  • 文件1
    这只需要3列
    (sourceNode、destinationNode、edgeLabel)
    然后你就可以去归档了→进口→表格中的网络(文本/MS Excel)。。 选择源节点、目标节点和交互类型。

    请记住更改中的显示选项

    文件2
    节点和边属性文件的格式很简单:节点属性文件的第一行以属性名称开头(请注意,它不能包含空格)。下面的每一行都包含节点的名称,后跟等号和该属性的值。数字和文本字符串是最常见的属性类型。给定属性的所有值必须具有相同的类型。例如:

    FunctionalCategory
    YAL001C = metabolism
    YAR002W = apoptosis
    YBL007C = ribosome
    
    边缘属性文件的结构基本相同,只是边缘的名称是源节点名称,后跟括号中的交互类型,后跟目标节点名称。方向性计数,因此切换源和目标将引用不同(或可能不存在)的边。以下是边缘属性文件的示例:

    InteractionStrength
    YAL001C (pp) YBR043W = 0.82
    YMR022W (pd) YDL112C = 0.441
    YDL112C (pd) YMR022W = 0.9013
    
    由于Cytoscape将边属性视为方向属性,因此第二个和第三个边属性值指的是两个不同的边(源和目标是反向的,尽管涉及的节点相同)

    每个属性都存储在单独的文件中。节点和边属性文件使用相同的格式。节点属性文件名通常使用后缀“.noa”,而边缘属性文件名使用后缀“.eda”。Cytoscape在浏览属性文件时识别这些后缀

    可以在命令行中使用–n和–e选项或通过文件加载节点和边属性→ 导入菜单

    使用表达式矩阵加载表达式数据时,除非另有明确指定,否则将自动将其作为节点属性数据加载

    节点和边属性附加到节点和边,因此独立于网络。给定节点或边的属性将应用于所有加载的网络文件中该节点或边的所有副本,无论是首先导入属性文件还是网络文件

    注意:要在Cytoscape 2.4中导入网络属性,请转到文件→ 进口→ 表中的属性(文本/MS Excel)。。。或者将它们编码到XGMML网络文件中

    超过第一行的每一行都标识对象的名称(节点属性文件中的节点或边属性文件中的边)以及属性值的字符串表示形式。分隔符总是等号;忽略等号前后的空格(空格和/或制表符)

    如果属性要映射到任何对象,则对象名称必须是“属性浏览器”最左侧列中显示的节点ID或边ID。必须准确复制这些名称,包括大小写,否则它们将不匹配


    如果您同意使用html文件代替svg,请阅读了解更多详细信息;Bokeh可能就是你要找的

    看这里


    我不认为大多数应用程序都需要服务器,正如文档中所说:“Bokeh可以使用file_HTML()生成独立的HTML文档函数。此函数可以从它自己的通用模板或您提供的模板发出HTML。这些文件包含用于内联打印的数据,并且完全可以传输,同时仍然为您的打印提供交互式工具(平移、缩放等)。

    这可能很有趣,尽管我不知道如何创建“交互式”的方法用它绘制散点图。据我所知,您描述的工具可以用来可视化带有元数据的图形。但我说的是图论意义上的情节而不是图。你认为交互式散点图示例可以通过cytoscape实现吗?哦,不,它是高度交互式的。我假设,通过交互,你的意思是,你可以看到一个工具提示,用鼠标指针指向一个节点,用鼠标移动节点,重新排列节点。。。可以使用不同的打印算法排列节点。所以,是的,交互式散点图可以用cytoscape完成