Jupyter notebook Snakemake-Jupyter实验室笔记本找不到内核

使用R或python在jupyter lab笔记本中编写程序时，我会将特定的conda环境作为内核安装，以从基本conda环境中的单个jupyter lab安装访问特定于环境的软件包

[NbConvertApp] ERROR | Failed to run command:
...
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/home/miniconda3/envs/matplotlib_env/bin/python'

完成笔记本的开发后，我想将其插入snakemake文件中，以确保以后的再现性，当然，我使用相应的conda environment.yaml文件来实现这一点，以便提供所有需要的包/库

现在问题来了：引用笔记本的规则在另一台机器/环境上不可复制，因为它试图访问/运行特定于我的开发环境的内核

[NbConvertApp] ERROR | Failed to run command:
...
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/home/miniconda3/envs/matplotlib_env/bin/python'

有人有解决这个问题的方法吗

编辑： 导致我的问题的更详细步骤

为特定工具或任务（此处：matplotlib）设置conda环境（matplotlib_env）

conda create-n matplotlib_env python=3.8 ipykernel matplotlib nbconvert

我创建了一个ipython内核，这样我的jupyter实验室实例就可以从基本环境中访问conda环境和相应的包（matplotlib）

python-m ipykernel安装--user--name matplotlib_env--display name“python_maplotlib”

我创建了一个简短的笔记本（），它使用步骤2中配置的内核（Pyhton_matplotlib）

导入matplotlib.pyplot作为plt
plt.图（[1,2,3]，[1,4,9]）
plt.savefig（'exp.png'）

完成任务后，出于管理和再现性原因，我想将其插入snakemake工作流。为此，我使用相应的notebook和conda environment.yaml文件（通过：

conda env export>matplotlib_env.yaml

自动生成）定义了一个规则

规则生成图：
输出：
“exp.png”
康达：
“matplotlib_环境yaml”
笔记本：
“make_plot.ipynb”

只要原始conda环境（带有配置的内核）仍然存在，执行规则就可以正常工作。一旦我删除了原始的conda环境（也可以选择从kernelspec列表中删除内核），我就会收到一条错误消息，因为无法再找到内核，并且snakemake生成的conda环境没有内核，笔记本正在寻找

snakemake-p--岩芯1--使用conda make_绘图

删除原始环境后出现错误消息

[NbConvertApp] ERROR | Failed to run command:
...
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/home/miniconda3/envs/matplotlib_env/bin/python'

从内核列表中删除内核后的错误消息

...
raise NoSuchKernel(kernel_name)
jupyter_client.kernelspec.NoSuchKernel: No such kernel named matplotlib_env

我找到了一个解决办法： 在保存笔记本之前，最后一次将内核从基本环境切换到默认的python或R内核。它们在安装后始终具有相同的默认名称（例如“Python3”）。因此，当通过snakemake执行时，笔记本会查找默认的Python/R内核，并找到通过snakemake--use conda选项提供的新安装

这不是最优雅的版本，但如果您需要/想要将笔记本插入您的工作流程，它就足够了

最严格的方法是，一旦完成，将笔记本变成一个具有明确定义的输入和输出的脚本。然后，通过相应的规则将此脚本插入Snake文件，而不是笔记本。

我找到了一个解决方法： 在保存笔记本之前，最后一次将内核从基本环境切换到默认的python或R内核。它们在安装后始终具有相同的默认名称（例如“Python3”）。因此，当通过snakemake执行时，笔记本会查找默认的Python/R内核，并找到通过snakemake--use conda选项提供的新安装

这不是最优雅的版本，但如果您需要/想要将笔记本插入您的工作流程，它就足够了

---

最严格的方法是，一旦完成，将笔记本变成一个具有明确定义的输入和输出的脚本。然后，通过相应的规则将此脚本插入Snake文件，而不是笔记本。

是否使用

--使用conda

？你能把笔记本规则和康达·亚马尔贴出来吗？我没有为笔记本使用特定的conda环境，但它应该可以工作。嗨，感谢您的回复和兴趣！是的，我在用——用康达。我已经编辑了原始帖子，并添加了一个我所面临问题的最小示例。您是否使用

——use conda

？你能把笔记本规则和康达·亚马尔贴出来吗？我没有为笔记本使用特定的conda环境，但它应该可以工作。嗨，感谢您的回复和兴趣！是的，我在用——用康达。我已经编辑了原始帖子，并添加了一个关于我所面临问题的最小示例。