在Windows/Linux中为Mac创建软件包

我一直在努力自己做一个r包。我遵循了stackoverflow上一个问题中的说明。以下是我在回答上一个问题后所采取的步骤

在新的R会话中运行R代码

# random DNA function
randDNA = function(n){
paste(sample(c("A", "C", "T", "G"), n, replace = TRUE), collapse = "")
}
# DNA to RNA function
dna2rna <- function(inputStr) {
  if (!is.character(inputStr))
    stop("need character input")
  is = toupper(inputStr)
  chartr("T", "U", is)
}

# complementary sequence function
compSeq <-  function(inputStr){
 chartr("ACTG", "TGAC", inputStr)
 }

# example data
dnaseq1 <- c("ATTGTATCTGGGTATTTCCCTTAATTGGGGCCTTT")
dnaseq2 <- c("TGGGGTAAACCCGGTTTAAAATATATATATTTTT")
myseqdata <- data.frame(dnaseq1, dnaseq2)
save(myseqdata, file = "myseqdata.RData")

在windows 7中编辑以下系统环境变量路径

C:\Rtools\bin;C:\Rtools\perl\bin;C:\Rtools\MinGW\bin; 
C:\Program Files\R\R-2.14.2\bin\x64; 

（在命令行中键入

>path

，检查路径设置是否正确

复制步骤（3）中的文件夹dnatool并放入名为rpackage的新文件夹，现在将目录更改为此文件夹（在DOS中）

编辑：我有时会收到dnatool.zip，但有时会收到dnatool.tar.gx

在命令行（DOS）中检查程序包

我可以在windows中将其打包为“dnatool.zip”

如何编译MAC或unix源代码？有哪些步骤不同

Unix source:     dnatool.tar.gz
Mac OS X binary: dnatool.tgz

我需要Mac电脑吗？我有linux virtualbox，里面安装了ubuntu

编辑：

我是否应该使用以下命令从步骤（3）文件夹dnatool中获取sourcode二进制文件

$ tar -zcvf dnatool.tar.gz/home/dnatool

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使用

R CMD build

创建的程序包可以安装在其他操作系统类型上。即使您的程序包包含R以外的源代码（c或c++），情况也是如此。仅当您创建二进制发行版时（我认为通过在R CMD build调用中添加--binary）软件包是特定于平台的。构建软件包所需的工具通常已经安装在linux或mac下。因此，如果您创建源发行版，它应该可以在所有主要发行版下工作。要创建mac二进制文件，您需要mac或创建交叉编译器环境。第二个选项可能是一个相当大的挑战，即您可以给google一个帮助。请注意，如果您将软件包上载到CRAN，所有软件包的构建工作都将为您完成。

谢谢，您的意思是“dnatool.zip”可以在unix环境中使用吗？请注意，如果您将软件包上载到CRAN，所有软件包的构建工作都将为您完成什么应该加载到CRAN？很抱歉，这个简单的问题zip文件是一个Windows二进制文件，只需创建一个源发行版（tar.gz）在Windows、Mac或Linux下应该可以。请注意，在这种情况下，用户需要安装构建工具。然而，在Linux下，这种情况经常发生，在Mac和Windows下，安装它们非常容易。一旦您的软件包安装在CRAN上（如果您计划这样做的话）所有这些问题都消失了，用户可以使用

install.packages

安装它。您可以将软件包的源发行版上载到CRAN的FTP服务器，如果通过检查，它将在CRAN中可用，从而可以使用install.packages安装。如果您的软件包仍然是实验性的，您也可以将其托管在R-forge上。这是R软件包的github/sourceforge/bitbucket站点。从R-forge，软件包也可以直接从R命令行安装。我可以在步骤（3）中转换dnatool吗？转换为tar.gz。它可以工作吗？或者可以安装在unix或mac os环境中吗？

c: \ repackage> R CMD check dnatool

Unix source:     dnatool.tar.gz
Mac OS X binary: dnatool.tgz

$ tar -zcvf dnatool.tar.gz/home/dnatool