如何生成不同的脚本以在linux中的每个目录上运行？

我有一个目录

main

，其中大约有100个目录。例如，它如下所示：

main
 |__ test_1to50000
 |__ test_50001to60000
 |__ test_60001to70000
 |__ test_70001to80000
 |__ test1.sh

我有一个sbatch脚本

test1.sh

在第一个目录上运行

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=sbatchJob   
#SBATCH --cpus-per-task=16       
#SBATCH --mem-per-cpu=8G    
#SBATCH --time=1-00:00:00
#SBATCH --qos=1day
if [ -f ~/.bashrc ] ; then
    . ~/.bashrc
fi

module load Perl/5.28.0-GCCcore-8.2.0

perl path/to/software --cpu 16 --run /path/to/test_1to50000 command /path/to/test_1to50000/software.`date +"%m_%d_%y_%H-%M-%S"`.log

---

我有100个目录，所以我想为每个目录创建每个脚本并提交脚本。如何为上述所有其他目录生成

sbatch脚本

？

您最好的选择是将a与以下脚本一起使用：

#!/bin/bash
#SBATCH --array=0-3   # 3 == number of dirs - 1
#SBATCH --job-name=sbatchJob   
#SBATCH --cpus-per-task=16       
#SBATCH --mem-per-cpu=8G    
#SBATCH --time=1-00:00:00
#SBATCH --qos=1day
if [ -f ~/.bashrc ] ; then
    . ~/.bashrc
fi

module load Perl/5.28.0-GCCcore-8.2.0
DIRS=(main/*/)    # This array will hold all directories
CURRDIR="${DIRS[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]}" # This is the directory taken care of by the current job

perl path/to/software --cpu 16 --run "$CURRDIR" command "$CURRDIR"/software.`date +"%m_%d_%y_%H-%M-%S"`.log

---

这将创建一个作业数组，每个目录有一个作业。您需要在阵列中设置正确数量的作业，以对应于目录数。但是，使用该阵列，您可以用一个命令管理所有作业，在所有作业完成后收到一封电子邮件，这大大简化了调度器的工作。

您可以在以下位置找到一些帮助。如果出现最坏的情况，您可以为dir in*运行一些变量

；执行sed“s%@dir@%$dir%g”template.file>sbatch.$dir；完成

从包含

@dir@

标记的模板文件中创建脚本，您要将（子）目录名放置在该模板文件中。如果需要使用路径名，使用

%

而不是

/

命令中的

，效果会更好-只要不在文件或目录名中的任何位置使用

%

。手册指出可以为

sbatch

提供参数。您应该能够创建一个文件，然后使用适当的参数调用该文件：

for dir in*；请点击…$dir；完成

。我没有调查细节或注意事项，但这是Unix（POSIX、Linux等）系统正常工作的方式。@JonathanLeffler感谢您的评论。是的，我可以为每个目录创建脚本，但是在脚本中，我还应该更改目录名，这需要为每个脚本完成。例如，在上面的sbatch脚本

test1.sh

中，最后的命令也有目录的路径。那么，如何做到这一点呢？