Linux 如何一次编辑多个文件名？

我有一个满是.txt文件（2000个文件）的目录。他们的名字很长。我想编辑他们的名字，只保留他们名字里面的某些字母作为文件名。 像这样：

UNCID_279113.TCGA-A6-2683-01A-01R-0821-07.100902_UNC7-RDR3001641_00025_FC_62EPOAAXX.1.trimmed.annotated.gene.quantification.txt

我想去掉这个长名称，只保留名称从

TCGA

开始，在三个

-

之后结束；例如，我的新文件名是：

TCGA-A6-2683-01A

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有人知道我如何在一个目录中对整个文件执行此操作吗

假设文件位于当前目录中：

library(gsubfn)

pat <- "TCGA-[^-]*-[^-]*-[^-]*"
file.names <- dir(pattern = pat)
new.names <- strapplyc(file.names, pat, simplify = TRUE)
file.rename(file.names, new.names)

或在Windows上：

# Windows
writeLines(paste("rename", file.names, new.names), con = "tcga_rename.bat")
shell("tcga_rename.bat")

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修订版：分解了

pat

，简化并添加了变体。

您可以这样做：

pattern <- ".*(TCGA-[^-]+-[^-]+-[^-]*).*"
file.rename(
  list.files("."),
  sub(pattern, "\\1", list.files("."))
)

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pattern您可以使用
list.files（）
获取目录中的文件名列表，然后使用替换为正则表达式编辑名称，然后使用
file.rename
实际执行重命名

类似于（未经测试）：

curfiles假设您的文件位于当前工作目录中，请重试

library(stringr)

files <- list.files(".", pattern=".txt")
file.rename(files, str_extract(files, "TCGA(-\\w+){3}"))

库（stringr）
文件您可以使用
awk
和/或
curfiles <- list.files(pattern='TCGA') # only grab files with TCGA in them
newfiles <- sub("^.*(TCGA-[a-zA-z0-9]+-[a-zA-Z0-9]+-[a-zA-Z0-9]+).*$", "\\1", curfiles)
file.rename(curfiles,newfiles)

library(stringr)

files <- list.files(".", pattern=".txt")
file.rename(files, str_extract(files, "TCGA(-\\w+){3}"))