Linux 使用$向Bash和awk传递参数时引用了错误的内容

我试图编写一个bash脚本，接受多个示例名称作为参数，以便调用它们对应的文件，并对这些文件运行一系列步骤。我知道在单独运行每个步骤时，这些步骤都会起作用，但我正在努力使事情更加自动化

我不会在这里粘贴所有步骤，这样它就不会变得太混乱，因为它看起来在下面脚本中的

awk

步骤失败，因为它没有在正确的位置替换正确的内容

我希望

$SAMPLE

来自命令行的输入，我希望

$1

引用我试图调用的文件中的第一个字段

#!/bin/bash

for SAMPLE in "$@" 
do
    echo 'awk -F '\t' '{print $1}' /path/$SAMPLE/path/$SAMPLE_filename.txt > pattern.txt'
    awk -F '\t' '{print $1}' /path/$SAMPLE/path/$SAMPLE_filename.txt > pattern.txt
done

当我运行此程序时，当程序失败时会出现以下错误：

awk -F '\t' '{print 10-23Aug-PI}' /path/10-23Aug-PI/path/.txt > pattern.txt
awk: fatal: cannot open file `/path/10-23Aug-PI/path/.txt' for reading (No such file or directory)

显然，它将文件名设置为

$1

，然后不设置为

$SAMPLE

，除非在运行脚本时输入多个示例名

那么，有没有办法重写

awk

脚本，或者使用

awk

以外的其他方法，这样我就可以提取文件中的第一个字段，但仍然可以从命令行向bash脚本传递参数

---

谢谢

脚本中只有一个问题。变量

$SAMPLE\u filename

未定义。我想你的意思是

${SAMPLE}\u文件名

。这就是为什么您会得到一个文件

.txt

，而不是

10-23Aug-PI_filename.txt

替换

$1

的原因是单引号。如果正确计算

echo

行，您会注意到

$1

是不带引号的，因此被值

$1

取代。

awk

将按预期工作

脚本的更正版本可能是：

#!/bin/bash
for SAMPLE in "$@"; do
   echo "awk -F '\t' '{print $1}' /path/$SAMPLE/path/${SAMPLE}_filename.txt > pattern.txt"
   awk -F '\t' '{print $1}' /path/$SAMPLE/path/${SAMPLE}_filename.txt > pattern.txt
done

---

看起来很有效-非常感谢！没关系-我说得太快了-我仍然看到以下内容：awk-F t{print 10-23Aug-PI}/ufrc/cschnitzler/kelsey.yetsko/trimmed_reads/$SAMPLE/alignments\u virtual/${SAMPLE}_CP_all_viral_old.txt>pattern.txt grep-f/ufrc/cschnitzler/kelsey.yetsko/trimmed_reads/pattern.txt/ufrc/cschnitzler/kelsey.yetsko/trimmed_reads/$SAMPLE/alignments_viral/hisat2${SAMPLE}viral_old.fasta>tmp.txt您的报价肯定有误。由于您使用单引号，并且从您写下的信息中，我只能得出结论，除了打印$1部分之外，大多数都在单引号之间。我之所以这样说，是因为单引号之间的字符串没有任何形式的变量替换。它们是文本字符串。这与双引号有很大的区别。@K.Yetsko你能把产生上述结果的行写出来吗？@K.Yetsko你写的也是你的

echo

行。

pattern.txt

的内容是什么使用

set-x

，而不是

echo

，来记录命令的执行方式

echo

的结果完全不正确；它们显示实际没有发生的替换，因为echo的引用与实际命令的引用不同。或者：

printf“%q”awk-F'\t'{print$1}'/path/$SAMPLE/path/$SAMPLE\u filename.txt；echo

可以。感谢您的建议-此命令确实生成了正确的命令日志，而不是echo