使用Installshield LE进行的Web应用程序安装在由msbuild生成时（但在IDE中生成时）会丢失一些文件

我有一个简单的web应用程序（MVC/webapi，devstudio2013）），其中我使用了附带的Installshield LE进行部署。我使用主输出来定义目标文件

如果我在IDE（devstudio）中构建了这一切，那么安装工作正常（即部署了所有文件）

但是，如果我使用msbuild从命令行进行构建（正如我希望在构建服务器上所做的那样），如下所示

msbuild myapp.sln /t:Rebuild /p:Configuration=SingleImage

安装过程正常，但运行安装后目标文件夹中缺少文件。所有缺少的文件都是nuget添加的引用

eg Microsoft.Owin.Host.SystemWeb, Microsoft.Practices.Unity.Configuration etc).

并不是所有的程序集都缺少，例如，它确实包括Microsoft.Practices.Unity.dll，但不包括其他两个与Unity相关的程序集（即Microsoft.Practices.Unity.Configuration.dll和Microsoft.Practices.Unity.RegistrationByConvention.dll）

我不知道还能尝试什么。它在IDE中构建时可以正常工作，但在msbuild中则不行

这里有人有什么想法吗

任何帮助都将不胜感激