如何设置每个perl脚本'；s conda构建的perl路径

我已经有一段时间了，我需要一些帮助。我开发了一个很好的小perl包。效果很好。它有一个简单的安装过程：

perl makefile.PL
make
make install

我一直在尝试写我的第一个康达配方，这样我最终可以用它在galaxy上创建一个包，通过bioconda自动安装

问题是上面的过程对于conda build.sh脚本来说是不够的，我不知道如何使安装的perl脚本的shebang行具有正确的perl路径。我第一次尝试这个：

perl Makefile.PL INSTALL_BASE=${PREFIX} INSTALLDIRS=site
make
make install

基于我在其他食谱中看到的内容，但这会导致一个错误：

/Users/rleach/local/miniconda3/conda-bld/vcfsamplecompare_1538773699290/test_tmp/run_test.sh: /Users/rleach/local/miniconda3/conda-bld/vcfsamplecompare_1538773699290/_test_env_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_pla/bin/vcfSampleCompare.pl: /Users/rleach/local/miniconda3/conda-bld/vcfsamplecompare_1538773699290/_build: bad interpreter: No such file or directory
Tests failed for vcfsamplecompare-v2.005-pl526_0.tar.bz2 - moving package to /Users/rleach/local/miniconda3/conda-bld/broken

我注意到在构建输出中有这样一个注释：

Renaming build prefix directory,  /Users/rleach/local/miniconda3/conda-bld/vcfsamplecompare_1538773699290/_build_env  to  /Users/rleach/local/miniconda3/conda-bld/vcfsamplecompare_1538773699290/build_prefix_moved_vcfsamplecompare-v2.005-pl526_0_osx-64

所以凭直觉，我在我的

makeinstall

之后添加了这个：

sed -i.bak 's|_build_env|build_prefix_moved_vcfsamplecompare-v2.005-pl526_0_osx-64|g' ${PREFIX}/bin/vcfSampleCompare.pl

这就成功了！（无论如何，它让我克服了第一个错误-现在它抱怨它也应该安装的模块不在@INC中-尽管每次只做一件事…）

问题是，我不知道在哪里可以找到字符串“build_prefix_moved_vcfsamplecompare-v2.005-pl526_0_osx-64”。显然，在不同的系统上会有所不同。如果我假设“build_prefix_moved_”是静态的，我知道哪些环境变量会给我“vcfsamplecompare”、“v2.005”和“64”（甚至可能是“osx”）——但是我找不到任何值为“pl526_0”的东西，所以我似乎没有能力独自完全构建字符串

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那么，这里的传统智慧是什么？我应该如何在包中的脚本顶部设置perl解释器路径？

正如我所怀疑的，您不必为Makefile.PL提供

INSTALL_BASE=${PREFIX}

甚至

PREFIX=${PREFIX}

。在路径上找到的脚本具有错误的perl解释器路径这一事实表明，在运行脚本时，可能存在与构建脚本时使用的版本不同的perl编译版本。这与

@INC

中不同路径的问题一致

原来

meta.yaml

文件在两个地方有perl：在

requirements:build:

和

requirements:host:

下，因此在构建期间使用了两个不同版本的perl，而不是在主机上运行。通过删除meta.yaml文件中

requirements:build:

下的一个，perl只有一个版本，冲突得到解决。build.sh文件中所需的全部内容是：

perl Makefile.PL INSTALLDIRS=site
make
make install

只需确保meta.yaml具有：

requirements:
  build:
    - make
  host:
    - perl
  run:
    - perl

---

将

perl

放在build部分下可能很有诱惑力，因为您在build.sh脚本中使用了对perl的调用，但构建完成后它就在主机上。

ExtUtils:：MakeMaker会将它安装的每个脚本的shebang重写到运行Makefile.PL的perl解释器中。但是请注意，如果shebang是

#，则它不会这样做/usr/bin/env perl

（否则建议用于未安装的脚本）。我对conda一无所知，也不太清楚这个构建过程与shebang的Perl解释器的位置有什么关系。Cona为每个构建创建了一个可以加载/卸载的环境（类似于module命令）。Perl也安装在环境中，以便独立于其他环境。因此，我需要知道perl解释器将要去哪里，以便shebang是正确的。即使我在shebang上放置了一个env，为了正确起见，我也必须使用独立环境中的env命令进行安装。在安装到正确的位置后，您可以使用perl解释器运行安装吗？这会正确地重写shebang，我想你是对的。我原以为任何命令（如env）都必须针对环境，但bioconda上的其他人也推荐了同样的命令。所以我会用它。我相信它会起作用的。这是我的第一份康达食谱。我只是想确保我做的正确。所以使用

#/脚本顶部的usr/bin/env perl

允许脚本在没有解释器错误的情况下运行，但下一个错误是它在@INC中找不到作为包的一部分安装的模块。。。