Perl 如何在NCBI中获得状态更新？

例如，我正在使用远程（NCBI）服务器为数千个EST序列运行独立的Blast+。我没有收到任何状态消息，比如100个序列中的15个正在运行。有可能得到这样的状态信息吗？或者使用perl脚本发送一个又一个序列的任何其他方式？
非常感谢

我建议使用Bioperl（）和

Bio:：Tools:：Run:：RemoteBlast

模块。请参阅，下面是他们在RemoteBlast.pm模块中给出的代码示例

 while (my $input = $str->next_seq()){
    #Blast a sequence against a database:    
    #Alternatively, you could  pass in a file with many
    #sequences rather than loop through sequence one at a time
    #Remove the loop starting 'while (my $input = $str->next_seq())'
    #and swap the two lines below for an example of that.
    my $r = $factory->submit_blast($input);
    #my $r = $factory->submit_blast('amino.fa');

    print STDERR "waiting..." if( $v > 0 );
    while ( my @rids = $factory->each_rid ) {
      foreach my $rid ( @rids ) {
        my $rc = $factory->retrieve_blast($rid);
        if( !ref($rc) ) {
          if( $rc < 0 ) {
            $factory->remove_rid($rid);
          }
          print STDERR "." if ( $v > 0 );
          sleep 5;
        } else {
          my $result = $rc->next_result();
          #save the output
          my $filename = $result->query_name()."\.out";
          $factory->save_output($filename);
          $factory->remove_rid($rid);
          print "\nQuery Name: ", $result->query_name(), "\n";
          while ( my $hit = $result->next_hit ) {
            next unless ( $v > 0);
            print "\thit name is ", $hit->name, "\n";
            while( my $hsp = $hit->next_hsp ) {
              print "\t\tscore is ", $hsp->score, "\n";
            }
          }
        }
      }
    }
  }

while（my$input=$str->next_seq（））{
#针对数据库爆破序列：
#或者，您可以传入一个包含多个
#序列，而不是一次一个循环通过序列
#从“while（my$input=$str->next_seq（））开始删除循环”
#把下面的两行换成一个例子。
my$r=$factory->submit\u blast（$input）；
#my$r=$factory->submit_blast（'amino.fa'）；
如果（$v>0），则打印标准“等待…”；
而（my@rids=$factory->each_rid）{
foreach my$rid（@rids）{
my$rc=$factory->retrieve_blast（$rid）；
如果（！ref（$rc））{
如果（$rc<0）{
$factory->remove\u rid（$rid）；
}
如果（$v>0），则打印标准字符“.”；
睡眠5；
}否则{
my$result=$rc->next_result（）；
#保存输出
我的$filename=$result->query\u name（）.“\.out”；
$factory->save_输出（$filename）；
$factory->remove\u rid（$rid）；
打印“\nQuery Name:”，$result->query\u Name（），“\n”；
while（my$hit=$result->next_hit）{
其次，除非（$v>0）；
打印“\t name is”，$hit->name“\n”；
while（my$hsp=$hit->next_hsp）{
打印“\t\t核心是”，$hsp->分数“\n”；
}
}
}
}
}
}

查看方法

retrieve_blast

（）。它将返回一个状态代码，让您知道爆破作业是否完成。如果您有更多问题，请告诉我，我将尝试进一步澄清

保罗