Perl Getopt:：Long:：描述性-如何声明变量

我试图通过命令行指定变量，但不确定如何声明变量。以下是错误：

$ perl make_keggTable.pl -i ko2genes.pau -o pau
Global symbol "$inlocus" requires explicit package name at make_keggTable.pl line 126.
Global symbol "$inlocus" requires explicit package name at make_keggTable.pl line 126.
Global symbol "$orgCode" requires explicit package name at make_keggTable.pl line 133.
Global symbol "$orgCode" requires explicit package name at make_keggTable.pl line 146.

我的代码：

use strict;
use warnings; 
use Data::Dumper;
use Getopt::Long::Descriptive;
#use Getopt::Long;
#use Pod::Usage;

## usage and help info
my ( $opt, $usage ) = describe_options(
'make_keggTable.pl  %o',
[ 'inlocus|i=s', 'file of NCBI locus IDS to Kegg KOs' ],
[ 'orgCode|o=s', 'kegg organism code(Pseu.PA14=pau, Pseu.PA01=pae,Salm.14028S=seo,Salm.LT2=stm,Ecoli.MG1655=eco)'],
[],
[ 'verbose|v', 'print with verbosity' ],
[ 'help',      'print usage message and exit' ],
);

if ($opt->help) {
  print $usage->text, "\n";
}
##
### read in NCBIgenID to KO for organism
# pau:PA14_00010        K02313
#my $inlocus=$ARGV[0] || "ko2genes.pau";
#my $orgCode=$ARGV[1] || "pau";
open (IN, $inlocus) or die "cannot open $inlocus\n";
my %HoLoc2ko;
while (my $line =<IN>){
    next if ($line =~ /^\s*$/);
    next if ($line =~ /^#/);
    chomp $line;
    my ($locus,$ko)=split(/\s/,$line);
    $locus =~ s/$orgCode//;
    if ($ko =~ /ko:/) {
            $ko =~ s/ko:// ;
    }
    if (defined($locus) && defined ($ko)) { # leave as array although it looks like all loci are only assigned to one ko
            push @{$HoLoc2ko{$locus}},$ko;
    }
}
close (IN);
print "read in ko info for\t".scalar(keys %HoLoc2ko)."\tNCBI locis\n";
#print "Loc2ko\n".Dumper(%HoLoc2ko)."\n";

使用严格；
使用警告；
使用数据：：转储程序；
使用Getopt:：Long:：描述性；
#使用Getopt:：Long；
#使用Pod：：用法；
##用法和帮助信息
我的（$opt$usage）=描述选项(
“make_keggTable.pl%o”，
['inlocus | i=s'，'NCBI位点ID文件到Kegg KOs']，
['orgCode | o=s'，'kegg有机体代码（Pseu.PA14=pau，Pseu.PA01=pae，Salm.14028S=seo，Salm.LT2=stm，Ecoli.MG1655=eco）]，
[],
['verbose | v'，'print with verbosity']，
[“帮助”，“打印使用信息并退出”]，
);
如果（$opt->help）{
打印$usage->文本“\n”；
}
##
###读入NCBIgenID至KO中的有机体
#pau:PA14_00010 K02313
#my$inlocus=$ARGV[0]| |“ko2genes.pau”；
#我的$orgCode=$ARGV[1]| |“pau”；
打开（在$inlocus中）或死亡“无法打开$inlocus\n”；
我的%HoLoc2ko；
while（我的$line=）{
下一个if（$line=~/^\s*$/）；
下一个if（$line=~/^#/）；
chomp$行；
my（$locus，$ko）=拆分（/\s/，$line）；
$locus=~s/$orgCode/；
如果（$ko=~/ko:/）{
$ko=~s/ko://；
}
if（defined（$locus）&&defined（$ko））{#保留为数组，尽管看起来所有的位点都只分配给一个ko
推{$HoLoc2ko{$locus}}，$ko；
}
}
关闭（IN）；
打印“读取\t的ko信息”。标量（键%HoLoc2ko）。“\tNCBI locis\n”；
#打印“Loc2ko\n”。转储程序（%HoLoc2ko）。“\n”；

您不需要使用声明其他标量变量。只需使用以下符号：

open (IN, $opt->inlocus) or die "cannot open ", $opt->inlocus, "\n";

---

您在

open

之前已经注释了几行。但是如果我使用get:：opt as perl make_keggTable.pl-I ko2genes.pau-o pau声明它们，我还需要它们吗？