Perl：监视后台进程'；在不等待完成的情况下恢复输出

我正试图用Perl编写一个管理器来自动化我的实验室一直在使用的生物信息学管道。（REPET管道，供感兴趣的人使用。）管道有八个步骤，其中几个步骤被分解为可以并行运行的子步骤。最值得注意的是，步骤3分为三个部分，步骤4分为三个相应的部分。步骤3的每个部分都可以独立运行，步骤4中对应的部分可以在步骤3完成后立即启动。我希望我的经理能够在三个并行线程中启动步骤3，对于每个线程，在步骤3完成后立即转到步骤4。我能想到的最好的方法是监视每个进程的输出。每个步骤的输出如下所示：

START TEdenovo.py (2012-08-23 11:20:10)
version 2.0
project name = dm3_chr2L
project directory = /home/<etc>
beginning of step 1
submitting job(s) with groupid 'dm3_chr2L_TEdenovo_prepareBatches' (2012-08-23 11:20:10)
waiting for 1 job(s) with groupid 'dm3_chr2L_TEdenovo_prepareBatches' (2012-08-23 11:20:10)
execution time per job: n=1 mean=2.995 var=0.000 sd=0.000 min=2.995 med=2.995 max=2.995
step 1 finished successfully
version 2.0
END TEdenovo.py (2012-08-23 11:20:25)

问题是，用backticks调用一个进程会导致perl等待该进程完成后再继续；正如我所发现的，这与system（）不同，在system（）中，您可以使用&将某些内容旋转到后台进程中，然后立即继续。据我所知，没有一种好方法可以使用system（）来获得我想要的效果。我想我可以这样做：

system("TEdenovo.py [options] & > log31.txt");

然后定期轮询log31.txt，查看是否出现了“finished successfully”（完成成功），但这似乎非常混乱

我还尝试在文件句柄中打开进程：

open(my $step3, "TEdenovo.py [options] |");
my @log3;

while(1)
{
    push(@log3, <$step3>);
    last if grep("step 3 finished successfully", @log3);
    sleep(5);
}

open（my$step3，“TEdenovo.py[options]|”）；
我的@log3；
而(1)
{
推动（@log3，）；
最后一个如果grep（“第3步成功完成”，@log3）；
睡眠（5）；
}

…但是，Perl再次等待，直到进程完成，才能继续（在本例中，在push（）处）。我用$| set和unset尝试了上述方法

因此，我的问题的实质是：有没有一种方法可以用perl捕获正在运行的后台进程的标准输出？

也许您可以试试

open(my $step3, "TEdenovo.py [options] |");

while(<$step3>)
{
    last if /step 3 finished successfully/;
}

open（my$step3，“TEdenovo.py[options]|”）；
while（）
{
最后一个if/步骤3成功完成/；
}

而不是while（1）？

也许你可以试试

open(my $step3, "TEdenovo.py [options] |");

while(<$step3>)
{
    last if /step 3 finished successfully/;
}

open（my$step3，“TEdenovo.py[options]|”）；
while（）
{
最后一个if/步骤3成功完成/；
}

---

使用

open

并从管道手柄读取的方法是正确的，而不是while（1）

方法。如果Nahuel关于在标量上下文中读取句柄的建议没有帮助，那么您仍然可能会受到缓冲的影响

$|

更改Perl输出的缓冲行为，但不更改从Perl调用的任何外部程序的行为。您必须使用不缓冲其输出的外部程序。在这种情况下，我相信通过将

-u

选项传递给python，这是可能的：

open(my $step3, "|-", "python -u TEdenovo.py [more options]");

---

使用

open

并从管道手柄读取的方法是正确的方法。如果Nahuel关于在标量上下文中读取句柄的建议没有帮助，那么您仍然可能会受到缓冲的影响

$|

更改Perl输出的缓冲行为，但不更改从Perl调用的任何外部程序的行为。您必须使用不缓冲其输出的外部程序。在这种情况下，我相信通过将

-u

选项传递给python，这是可能的：

open(my $step3, "|-", "python -u TEdenovo.py [more options]");

---

push@log3，

在列表上下文中计算

，等待eof（即流程完成）。啊哈，mob，你的建议似乎已经完成了。我没有读入数组，而是尝试一次连接一行，如

$log3.=

，它正进入我所希望的等待循环。现在只剩下一个小问题了：这样做一次只能获取一行输出，而我想在每次执行时都将其吞咽掉。使用文件slurp模式

$/=unde

也会搜索EOF，不是吗？那么，我如何才能在每个步骤中获得整个输出呢？如果没有办法，我不会感到惊讶；毕竟，这就是EOF的作用，不是吗？我仍然在使用

while（1）

而不是Nahuel的建议，因为我不会让所有的循环条件信息进入循环。我需要监控八个EOF进程，当我进入循环时，其中只有两个进程将启动。i、 例如，我还没有打开这些文件句柄，对于未打开的文件句柄，eof（）返回1，这将错误地计算为循环的退出条件。因此，我还必须监视每个日志的内容作为循环条件。。。它只是变得一团糟；在这种情况下，从loo引脚内部更容易监控循环条件。

push@log3，

在列表上下文中计算

，等待eof（即流程完成）。啊哈，mob，您的建议似乎已经完成了。我没有读入数组，而是尝试一次连接一行，如

$log3.=

，它正进入我所希望的等待循环。现在只剩下一个小问题了：这样做一次只能获取一行输出，而我想在每次执行时都将其吞咽掉。使用文件slurp模式

$/=unde

也会搜索EOF，不是吗？那么，我如何才能在每个步骤中获得整个输出呢？如果没有办法，我不会感到惊讶；毕竟，这就是EOF的作用，不是吗？我仍然在使用

while（1）

而不是Nahuel的建议，因为我不会让所有的循环条件信息进入循环。我需要监控八个EOF进程，当我进入循环时，其中只有两个进程将启动。i、 例如，我还没有打开这些文件句柄，对于未打开的文件句柄，eof（）返回1，这将错误地计算为循环的退出条件。因此，我还必须监视每个日志的内容作为循环条件。。。它只是变得一团糟；在这种情况下，从loo引脚内部更容易监控环路状况。