从Perl中包含少于15个字符的字符串中获取15个字符

我有一个序列和一个数字，代表一个残基（字符）的位置。我想从残留物的每一面取7个残留物。这是执行此操作的代码：

my $seq = substr($sequence, $location-8, 14);

这将从残留物的每一侧抓取7个。然而，有些序列的两侧都少于7个残基。因此，当发生这种情况时，我会得到一个错误，即：

substr outside of string at test9.pl line 52 (#1) (W substr)(F) You tried to reference a substr() that pointed outside of a string.  That is, the absolute value of the offset was larger than the length of the string.

如何更改空位置并用另一个字母（例如X）替换它们

例如，如果有一个序列 ABCDEFGH $location指向D，每边需要7个，结果是：

---

XXXXABCDEFGHXXX

这是一个非常详细的答案，但或多或少能满足您的需求：

use strict;
use warnings;

my $sequence = 'ABCDEFGH';
my $wings = 7;

my $location = index $sequence, 'D';
die "D not found" if $location == -1;

my $start = $location - $wings;
my $length = 1 + 2 * $wings;

my $leftpad = 0;
if ($start < 0) {
    $leftpad = -1 * $start;
    $start = 0;
}
my $seq = substr($sequence, $start, $length);
$seq = ('X' x $leftpad) . $seq if $leftpad;

my $rightpad = $length - length ($seq);
$seq .= 'X' x $rightpad if $rightpad > 0;

print $seq;

---

这是一个非常冗长的答案，但或多或少能满足您的需求：

use strict;
use warnings;

my $sequence = 'ABCDEFGH';
my $wings = 7;

my $location = index $sequence, 'D';
die "D not found" if $location == -1;

my $start = $location - $wings;
my $length = 1 + 2 * $wings;

my $leftpad = 0;
if ($start < 0) {
    $leftpad = -1 * $start;
    $start = 0;
}
my $seq = substr($sequence, $start, $length);
$seq = ('X' x $leftpad) . $seq if $leftpad;

my $rightpad = $length - length ($seq);
$seq .= 'X' x $rightpad if $rightpad > 0;

print $seq;

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这是一个非常冗长的答案，但或多或少能满足您的需求：

use strict;
use warnings;

my $sequence = 'ABCDEFGH';
my $wings = 7;

my $location = index $sequence, 'D';
die "D not found" if $location == -1;

my $start = $location - $wings;
my $length = 1 + 2 * $wings;

my $leftpad = 0;
if ($start < 0) {
    $leftpad = -1 * $start;
    $start = 0;
}
my $seq = substr($sequence, $start, $length);
$seq = ('X' x $leftpad) . $seq if $leftpad;

my $rightpad = $length - length ($seq);
$seq .= 'X' x $rightpad if $rightpad > 0;

print $seq;

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这是一个非常冗长的答案，但或多或少能满足您的需求：

use strict;
use warnings;

my $sequence = 'ABCDEFGH';
my $wings = 7;

my $location = index $sequence, 'D';
die "D not found" if $location == -1;

my $start = $location - $wings;
my $length = 1 + 2 * $wings;

my $leftpad = 0;
if ($start < 0) {
    $leftpad = -1 * $start;
    $start = 0;
}
my $seq = substr($sequence, $start, $length);
$seq = ('X' x $leftpad) . $seq if $leftpad;

my $rightpad = $length - length ($seq);
$seq .= 'X' x $rightpad if $rightpad > 0;

print $seq;

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在我以上评论的基础上进行扩展。我将创建一个my_substr函数来封装填充和位置移位

my $sequence = "ABCDEFGH";
my $location = 3;

sub my_substr {
 my ($seq, $location, $pad_length) = @_;
 my $pad = "X"x$pad_length;
 return substr("$pad$seq$pad", $location, (2*$pad_length+1));
}

print my_substr($sequence, $location, 7) . "\n";

屈服

XXXXABCDEFGHXXX

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在我以上评论的基础上进行扩展。我将创建一个my_substr函数来封装填充和位置移位

my $sequence = "ABCDEFGH";
my $location = 3;

sub my_substr {
 my ($seq, $location, $pad_length) = @_;
 my $pad = "X"x$pad_length;
 return substr("$pad$seq$pad", $location, (2*$pad_length+1));
}

print my_substr($sequence, $location, 7) . "\n";

屈服

XXXXABCDEFGHXXX

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在我以上评论的基础上进行扩展。我将创建一个my_substr函数来封装填充和位置移位

my $sequence = "ABCDEFGH";
my $location = 3;

sub my_substr {
 my ($seq, $location, $pad_length) = @_;
 my $pad = "X"x$pad_length;
 return substr("$pad$seq$pad", $location, (2*$pad_length+1));
}

print my_substr($sequence, $location, 7) . "\n";

屈服

XXXXABCDEFGHXXX

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在我以上评论的基础上进行扩展。我将创建一个my_substr函数来封装填充和位置移位

my $sequence = "ABCDEFGH";
my $location = 3;

sub my_substr {
 my ($seq, $location, $pad_length) = @_;
 my $pad = "X"x$pad_length;
 return substr("$pad$seq$pad", $location, (2*$pad_length+1));
}

print my_substr($sequence, $location, 7) . "\n";

屈服

XXXXABCDEFGHXXX

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如果有多个D，你会怎么做？我想你会想在这个答案中使用

sprintf

：。我认为最简单的方法是在搜索/substr之前，在序列的两侧填充“xxxxxx”（如果需要调整$location）。如果有多个D，你会怎么做？我想你会想在这个答案中使用

sprintf

：。我认为最简单的方法是在搜索/substr之前，在序列的两侧填充“xxxxxx”（如果需要调整$location）。如果有多个D，你会怎么做？我想你会想在这个答案中使用

sprintf

：。我认为最简单的方法是在搜索/substr之前，在序列的两侧填充“xxxxxx”（如果需要调整$location）。如果有多个D，你会怎么做？我想你会想在这个答案中使用

sprintf

。我认为最简单的方法是在搜索/substr之前，在序列的两侧填充“XXXXXXX”（如果需要调整$location）。好主意，@ikegami。编辑以改变这一点。好主意，@ikegami。编辑以改变这一点。好主意，@ikegami。编辑以改变这一点。好主意，@ikegami。编辑以改变这一点。