Perl 错误消息：Can'；t调用方法"；“做”；关于未定义的值_Perl_Sqlite_Xml Parsing_Perl Module

Perl 错误消息：Can'；t调用方法"；“做”；关于未定义的值

perl sqlite

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这会在未定义的值上显示错误消息“无法调用方法”do“。此特定方法中是否有导致问题的原因？如果需要，我可以添加更多的脚本。我唯一的猜测是它与“@data”有关，下面的代码中填充了它：

# #################################################
#       Subroutine to add data to the table BlastSearch
#       Could be redone to be more general, but it seems more 
#       efficient to add data as it is pulled from the xml.
# ################################################# 
sub addData {
    my (@data, $dbhandle) = @_;
    print join(", ", @data) . "\n";
    my $sqlcmd = "insert into BlastSearch values('" . join("','",@data) . "')";
    $dbhandle->do($sqlcmd) or die $DBI::errstr;
}

##################################################
#用于查找的子例程：
#登录id
#e值（Hsp_评估值）
#标识数（Hsp_标识）
#前五名的比赛。
# #################################################
子解析XML{
我的（$file，$dbhandle）=@；
my$xml=new xml:：Simple（）；
my$data=$xml->XMLin（$file，forcearray=>[qw（Hit）]，keyatt=>[]）；
我的$entry_节点=$data->{BLOBOUTPUT_迭代次数}；
my$iterhit=$entry_node->{Iteration}->{Iteration_hits}->{Hit}；
#单蛋白的快速发现
my$uniProtID=substr（$file，0，6）；
我的$count=0；
foreach my$val（@$iterhit）{
我的@dataarray；
如果（$val->{Hit_hsps}&&$count<5）{
打印“\n”；
打印“点击加入：.$val->{Hit_加入}.\n”；
打印“e-value:.$val->{Hit_hsps}->{Hsp}->{Hsp_evalue}.\n”；
打印“ID编号：“.$val->{Hit_hsps}->{Hsp}->{Hsp_identity}.”\n”；
push（@dataarray，$val->{Hit_}）；
push（@dataarray，$val->{Hit_hsps}->{Hsp}->{Hsp_evalue}）；
push（@dataarray，$val->{Hit_hsps}->{Hsp}->{Hsp_identity}）；
push（@dataarray，$uniProtID）；
addData（@dataarray，$dbhandle）；
$count++；
}
}
返回$data；
}

以下是一个bug，因为

@data

总是会将

中的所有值发出咕噜声，使

$dbhandle

未定义

# #################################################
#       Subroutine to find the:
#           Accession id
#           e-value (Hsp_evalue)
#           number of identites (Hsp_identity)
#       of the top five matches.
# #################################################
sub parseBlastXML {
    my ($file, $dbhandle) = @_;
    my $xml = new XML::Simple();
    my $data = $xml->XMLin($file, forcearray=>[qw(Hit)], keyattr=>[]);
    my $entry_node = $data->{BlastOutput_iterations};
    my $iterhit = $entry_node->{Iteration}->{Iteration_hits}->{Hit};

    #quick find of uniprotID
    my $uniProtID = substr($file, 0, 6);

    my $count = 0;
    foreach my $val (@$iterhit) {
        my @dataarray;
        if ($val->{Hit_hsps} && $count < 5) {
            print "\n";
            print "Hit accession: " . $val->{Hit_accession} . "\n"; 
            print "e-value: " . $val->{Hit_hsps}->{Hsp}->{Hsp_evalue} . "\n"; 
            print "number of ID's: " . $val->{Hit_hsps}->{Hsp}->{Hsp_identity} . "\n";
            push(@dataarray, $val->{Hit_accession}); 
            push(@dataarray, $val->{Hit_hsps}->{Hsp}->{Hsp_evalue}); 
            push(@dataarray, $val->{Hit_hsps}->{Hsp}->{Hsp_identity});
            push(@dataarray, $uniProtID);

            addData(@dataarray, $dbhandle);

            $count ++;
        }
    }
    return $data;
}

要修复此问题，您需要对参数重新排序，并始终使数组位于赋值的最后一位

sub addData {
    my (@data, $dbhandle) = @_;    # $dbhandle will always be undefined

注意：也可以将dbh从参数列表的末尾删除。但是，这样的编码风格不是一个好主意。

以下是一个错误，因为

@data

总是会将

中的所有值弄混，从而使

$dbhandle

未定义

# #################################################
#       Subroutine to find the:
#           Accession id
#           e-value (Hsp_evalue)
#           number of identites (Hsp_identity)
#       of the top five matches.
# #################################################
sub parseBlastXML {
    my ($file, $dbhandle) = @_;
    my $xml = new XML::Simple();
    my $data = $xml->XMLin($file, forcearray=>[qw(Hit)], keyattr=>[]);
    my $entry_node = $data->{BlastOutput_iterations};
    my $iterhit = $entry_node->{Iteration}->{Iteration_hits}->{Hit};

    #quick find of uniprotID
    my $uniProtID = substr($file, 0, 6);

    my $count = 0;
    foreach my $val (@$iterhit) {
        my @dataarray;
        if ($val->{Hit_hsps} && $count < 5) {
            print "\n";
            print "Hit accession: " . $val->{Hit_accession} . "\n"; 
            print "e-value: " . $val->{Hit_hsps}->{Hsp}->{Hsp_evalue} . "\n"; 
            print "number of ID's: " . $val->{Hit_hsps}->{Hsp}->{Hsp_identity} . "\n";
            push(@dataarray, $val->{Hit_accession}); 
            push(@dataarray, $val->{Hit_hsps}->{Hsp}->{Hsp_evalue}); 
            push(@dataarray, $val->{Hit_hsps}->{Hsp}->{Hsp_identity});
            push(@dataarray, $uniProtID);

            addData(@dataarray, $dbhandle);

            $count ++;
        }
    }
    return $data;
}

要修复此问题，您需要对参数重新排序，并始终使数组位于赋值的最后一位

sub addData {
    my (@data, $dbhandle) = @_;    # $dbhandle will always be undefined

注意：也可以将dbh从参数列表的末尾删除。然而，这样的编码风格不是一个好主意。

此外，如果有人有比数组和联接更好的向sqlite表的行添加值的方法，我们将不胜感激

您的

@data

数组大小是否始终相同？我想是这样，因为您在

INSERT

语句中没有指定列列表，所以最好的方法是编写

sub addData {
    my ( $dbhandle, @data ) = @_;

    ...;
}

sub parseBlastXML {
    ...;
    addData( $dbhandle, @dataarray );

显然，具有正确数量的

？

占位符。

prepare

调用类似于编译语句，理想情况下，您应该在程序首次启动时只执行一次，然后可以使用不同的参数调用

execute

如果

@data

的大小确实不同，那么所有数据都不会丢失。你可以这样做

sub add_data {
    my ($dbhandle, @data) = @_;
    my $insert = $dbhandle->prepare('INSERT INTO BlastSearch VALUES (?, ?, ?, ?)');
    $insert->execute(@data) or die $DBI::errstr;
}

但请注意，每次参数计数更改时，您都必须调用

prepare

还要注意，标识符

addData

最好是

add\u data

，因为大写字母通常保留给全局标识符。

“此外，如果有人有比数组和联接更好的方法向sqlite表的行中添加值，我们将不胜感激。”

您的

@data