在网页中执行时，文件写入在PHP/MAFFT中不起作用

我正在从事一个基于web的项目，该项目在名为MAFFT的服务器上执行一个程序。MAFFT将输入文件和写入输出的文件作为参数

    mafft in > out

我有一个php页面，它调用：

    <?php
        shell_exec("mafft in > out);
    ?>

然后：

它的工作原理与预期完全相同，但当我在web浏览器中导航到该页面时，它会创建输出文件，但不会写入该文件（即使我将输出文件perm更改为777）

输入/输出文件可能非常大，因为这是序列对齐的东西，但我正在使用少于200个字符的文件进行测试

这里有没有我遗漏的东西，或者仅仅是在网页上做不到

谢谢，

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Ryan

问题是程序（MAFFT）在运行时输出其进度，但通过网页执行该程序并没有授予执行该程序所需的权限，因此该程序未完成即退出。将程序输出发送到shell脚本中的/dev/null似乎解决了这个问题。

您应该将完整路径发布到

sh

：即

shell_exec（“/bin/sh./scr.sh”）。这些问题大多是由于权限问题或环境变量
PATH
设置不正确造成的。@FlorinStingaciu我添加了您的建议，它仍然会创建输出文件，但不会写入该文件。请尝试使用
2>&1>
将stderr管道传输到输出中。也许你会得到一个错误的提示。另外，查看通常位于
/var/logs/httpd/
下的
httpd
错误日志可能会有所帮助。当查看httpd错误日志时，我发现/usr/bin/mafft:1961:/usr/bin/mafft:cannot create/dev/stderr:Permission denied
    #!/bin/bash
    mafft in > out

    <?php
        shell_exec("sh ./scr.sh");
    ?>

    php something.php