Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/2/python/300.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

Warning: Invalid argument supplied for foreach() in /data/phpspider/zhask/libs/tag.function.php on line 1116

Notice: Undefined index: in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 180

Warning: array_chunk() expects parameter 1 to be array, null given in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 181
Python cogent.db.ensembl食谱'；.getGeneByStableId（）的示例返回'；编程错误'；_Python_Database_Database Connection_Bioinformatics_Cookbook - Fatal编程技术网
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Python cogent.db.ensembl食谱'；.getGeneByStableId（）的示例返回'；编程错误'；

python database

Python cogent.db.ensembl食谱'；.getGeneByStableId（）的示例返回'；编程错误'；,python,database,database-connection,bioinformatics,cookbook,Python,Database,Database Connection,Bioinformatics,Cookbook,我在使用PyCogent查询EnsEMBl的数据库时遇到了一个错误-这个错误是由EnsEMBl或PyCogent中的更新导致的吗 当试图重现PyCogent Cookbook的文档页面（“选择Gene”部分）的代码时，我得到了“ProgrammingError” 以下是失败的烹饪书代码（我指出了出错的行）： 额外信息： ProgrammingError: (ProgrammingError) (1146, "Table 'homo_sapiens_variation_74_37.flankin

我在使用PyCogent查询EnsEMBl的数据库时遇到了一个错误-这个错误是由EnsEMBl或PyCogent中的更新导致的吗

当试图重现PyCogent Cookbook的文档页面（“选择Gene”部分）的代码时，我得到了“ProgrammingError”

以下是失败的烹饪书代码（我指出了出错的行）：

额外信息：

ProgrammingError: (ProgrammingError) (1146, "Table 'homo_sapiens_variation_74_37.flanking_sequence' doesn't exist") 'DESCRIBE flanking_sequence' ()
  • Python 2.7.3
  • PyCogent 1.5.1-2
  • Ubuntu 12.04
  • Ensmbl发布74
出现该错误的原因是Ensembl从70版开始删除了旁侧的_-seq数据库。此问题已在PyCogent github存储库中修复。

交叉发布在biostars上： 
ProgrammingError: (ProgrammingError) (1146, "Table 'homo_sapiens_variation_74_37.flanking_sequence' doesn't exist") 'DESCRIBE flanking_sequence' ()