Python 如何找到不完美的子字符串？

我有一个等长的子字符串列表，对于所有这些子字符串，我想在一个大字符串中找到一个位置。然而，棘手的是，我还应该找到不匹配数量有限的子字符串（也给出了不匹配的数量）。我想我可以用正则表达式来实现这一点，但我找不到方法。UPD：我正在使用Python 2.7

例如：

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输入字符串：

s='atgtcgatcgatgctagctataaaa'

，输入子字符串为

s0='ATG'

，允许的不匹配数为n=1。我想要的是返回一个iterable，比如一个位置列表：

[0,7,19,23,6]

，它对应于“ATG”（两次）、“ATA”（两次）、“ATC”对应的位置，因为字符串中没有出现其他不匹配的3-mer。

您考虑过使用Levenshtein距离算法寻求帮助吗？它用于确定两个字符串之间的相似程度

下面是一个简单的实现：

对于i=0至len（干草堆）－len（针头）

让势匹配=干草堆[i，i+len]

查看潜在匹配和针头之间的Levenshtein距离

如果距离为0，则为完美匹配

如果距离小于阈值，则存在不完美但足够接近的匹配

否则，继续下一步

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您是否考虑过使用Levenshtein距离算法寻求帮助？它用于确定两个字符串之间的相似程度

下面是一个简单的实现：

对于i=0至len（干草堆）－len（针头）

让势匹配=干草堆[i，i+len]

查看潜在匹配和针头之间的Levenshtein距离

如果距离为0，则为完美匹配

如果距离小于阈值，则存在不完美但足够接近的匹配

否则，继续下一步

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鉴于我对你的问题的理解：

类型1

def diff_count(s1, s2):
    count = 0
    for i in range(len(s1)):
        if s1[i] != s2[i]:
            count += 1
    return count

def diff_filter1(s1, s2, max_count):
    return diff_count(s1, s2) < max_count

---

鉴于我对你的问题的理解：

类型1

def diff_count(s1, s2):
    count = 0
    for i in range(len(s1)):
        if s1[i] != s2[i]:
            count += 1
    return count

def diff_filter1(s1, s2, max_count):
    return diff_count(s1, s2) < max_count

新模块支持模糊匹配。比如说

(?:foo){s<=2} 

（？：foo）{s>>regex.findall（r'（？：foo）{s新模块支持模糊匹配

(?:foo){s<=2} 

（？：foo）{s>>regex.findall（r'（？：foo）{s很高兴地展示了一些预期输出的示例，正则表达式不可能做到这一点。我遇到的所有语言中的正则表达式的默认实现都不支持这一点。到目前为止，我所知道的唯一进行模糊匹配的库是正则表达式包。输入字符串：
s='atgtcgatgctagataaaa'
，Input substring是
s0='ATG'
，允许的不匹配数是
n=1
。我想要的是返回一个iterable，比如一个位置列表：
[0,7,19,23,6]
，对应于
'ATG'（2），'ATA'（2）的位置，'ATC'
相应地，因为字符串中没有其他不匹配的3-mer。请给出一些预期输出的示例，这在正则表达式中是不可能的。我遇到的所有语言中的正则表达式的默认实现都不支持这一点。到目前为止，我知道的唯一一个实现模糊匹配的库ng是正则表达式包。输入字符串：
s='atgtcgatcgatagtagataaaa'
，输入子字符串是
s0='ATG'
，允许的不匹配数是
n=1
。我想要的是返回一个位置的可数，比如说一个列表：
[0,7,19,23,6]
，它们对应于
'ATG'（2），'ATA'（2）的位置，“ATC”
相应，因为字符串中没有出现任何其他不匹配的3-mer。非常感谢！这是我一直在寻找的！非常感谢！这是我一直在寻找的！
>>> regex.findall(r'(?:foo){s<=2}', 'xxfoo')
['xfo']
>>> regex.findall(r'(?:foo){s<=2}', 'xxfoo', regex.BESTMATCH)
['foo']