Python 我正试图反转一个fasta DNA序列

我一直在尝试反向补充fasta DNA序列。这是我的密码：

fastafile=open('sequence (3).fasta','r')
entries=[]
reverse=""
sequence=['A','T','G','C','N']
for line in fastafile:
    if not line.startswith('>'):
        line = line.split()
        entries.append(line)
print entries
for index in range(0,len(entries[::-1])):
    if index !=sequence:
        print "this is not a valid nucleotide"
        break
    else:
        if index=='A':
            reverse+='T'
        elif index=='T':
            reverse+='A'
        elif index=='C':
            reverse+='G'
        elif index=='G':
            reverse+ 'C'
        elif index=='N':
            reverse+='N'
print reverse

每次我得到输出，这都不是一个有效的核苷酸，即使我打印的条目显示它有顺序的条目。这是我打印条目时的输出示例

[['GCTCCCCTGAGGTTCGGCACCCACACTCCCTTCCCAGGAGCTCGCGATGCAAGAGCCACAGTCAGAGCTC'], ['AATATCGACCCCCCTCTGAGCCAGGAGACATTTTCAGAATTGTGGAACCTGCTTCCTGAAAACAATGTTC'], ['TGTCTTCGGAGCTGTGCCCAGCAGTGGATGAGCTGCTGCTCCCAGAGAGCGTCGTGAACTGGCTAGACGA']

我如何克服这个问题？我只想补充一点，大约2个月前我才开始认真地使用python编程，所以我仍在学习和改进。

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谢谢大家!

您的循环语句是：

for index in range(0,len(entries[::-1])):

这将迭代条目的长度，即，

0、1、2、3、…，len（条目）

如果执行

if索引！=sequence

您实际上是在将整数与列表进行比较，如果3！=['A'，'C'，'T'，'G']。我想你会发现这毫无意义。你可能想做的是看看序列中的核苷酸是否是有效的核苷酸，因此它在

序列

列表中。您可以这样做：

if entries[::-1][index] in sequence # Will be true if the nucleotide at entries[::-1][index] is inside sequence

让我说两件事：

• 首先，您不必将范围设置为

  len（条目[：-1]）

  ，它与

  len（条目）

• 第二，也是更重要的，有一个专门为生物信息学构建的实际模块。它被称为。它具有特殊的对象和功能。例如，您的问题可以通过以下方式解决：

-

---

输出：

CTATCGGGGCACCCTTTCAGCGCCCATTACATGGCCAT

感谢您的帮助。我对大多数biopython模块不太熟悉，但seq要求我输入一串核苷酸序列，在我的例子中，我希望使用文件中的fasta序列作为输入。

from Bio.Seq import Seq

dna = Seq("ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG")
print dna.reverse_complement()