Python 使用h5py删除hdf5数据集

有没有办法从hdf5文件中删除数据集，最好使用h5py？或者，是否可以覆盖一个数据集，同时保持其他数据集不变

据我所知，h5py可以在5种模式下读取/写入hdf5文件

f = h5py.File("filename.hdf5",'mode')

其中模式可以是

r

进行读取，

r+

进行读写，

a

进行读写，但如果文件不存在则创建一个新文件，

w

进行写入/覆盖，

w-

与

w

相同，但如果文件已经存在则失败。我试过了，但似乎没有一个管用

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非常感谢您的建议。

我不明白您的问题与文件打开模式有什么关系。对于读/写，r+是一个不错的选择

据我所知，删除是不容易/不可能的，尤其是无论你做什么，文件大小都不会缩小

但覆盖内容并不是问题

f['mydataset'][:] = 0

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是的，这是可以做到的

with h5py.File(input,  "a") as f:
    del f[datasetname]

您需要以可写模式打开文件，例如追加（如上所述）或写入

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正如@seppo enarvi在评论中所指出的，先前推荐的

f.\uu delitem\uuu（datasetname）

函数的目的是实现

del

操作符，以便可以使用

del f[datasetname]删除数据集

我尝试过这个方法，唯一能真正减小文件大小的方法是将所有内容复制到一个新文件中，只保留我不感兴趣的数据集：

fs = h5py.File('WFA.h5', 'r')
fd = h5py.File('WFA_red.h5', 'w')
for a in fs.attrs:
    fd.attrs[a] = fs.attrs[a]
for d in fs:
    if not 'SFS_TRANSITION' in d: fs.copy(d, fd)

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我想让你们了解我的一位同事在开源软件中开发并上线的一个项目。它被称为

h5nav

。您可以使用pip安装（）下载它

请注意，您仍然必须使用h5repack来降低文件的大小

最好的，

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Jérôme

函数的目的是实现

del

操作符，这样就可以使用

del f[datasetname]

@SeppoEnarvi删除数据集。那么，您是说语法应该是

使用h5py.File（输入，“a”）作为f:del f[datasetname]

而不是上面写的内容？我会使用

delf[datasetname]

，因为这是Python中删除对象的标准方法，这也是文档建议的。但它们可能都能工作。删除几个数据集后，文件大小保持不变。我试图删除一个6 GB文件的一半数据，但其大小始终不变，这能解决吗？@Prateeswaran，您可能需要使用HDF组的命令行实用程序之一重新打包该文件，或者您可以将内容复制到一个新文件，然后用它替换现有文件。我相信，由于HDF5使用的是树状结构，因此恢复空间并不简单。

del h5py_文件[dataset_address]

或…，您可以创建一个新的HDF5文件，并从旧文件中复制您需要的内容。我建议根据一些假设进行编辑（SFS_转换是您的工作特有的东西？），以使您的答案更一般，如果我误解了什么，请往后退

pip install h5nav

h5nav toto.h5
ls
rm the_group_you_want_to_delete
exit