Python 从pubmed获取全文
我正在使用python api Bio访问pubmed中央数据库,但不幸的是,我只能从该api获取摘要 我想知道是否有可能获得全文以及如何获得全文 molp5是一个包含如下分子列表的文件Python 从pubmed获取全文,python,biopython,pubmed,Python,Biopython,Pubmed,我正在使用python api Bio访问pubmed中央数据库,但不幸的是,我只能从该api获取摘要 我想知道是否有可能获得全文以及如何获得全文 molp5是一个包含如下分子列表的文件 Flavopiridol 4-azapaullone 这是我的密码: def search(query): Entrez.email = 'xxxxx@gmail.com' handle = Entrez.esearch(db='pubmed',
Flavopiridol
4-azapaullone
这是我的密码:
def search(query):
Entrez.email = 'xxxxx@gmail.com'
handle = Entrez.esearch(db='pubmed',
sort='relevance',
retmax='3000',
retmode='text',
rettype='Medline',
term=query)
results = Entrez.read(handle)
return results
def fetch_details(id_list):
ids = ','.join(id_list)
Entrez.email = 'xxxxx@gmail.com'
handle = Entrez.efetch(db='pubmed',
retmode='xml',
id=ids)
results = Entrez.read(handle)
return results
if __name__ == '__main__':
#load the file containing the name of the molecules
mol = pd.read_csv('/W2V/molp5.csv')
mol["idx"] = mol["idx"].apply(lambda x:lower(x))
txt = ""
retmax = []
for m in mol["idx"]:
results = search(m)
#print the number of article available and the name of the molecule
print m, results['RetMax']
id_list = results['IdList']
papers = fetch_details(id_list)
for i, paper in enumerate(papers):
try:
#concatenate the abstract together
txt += paper['MedlineCitation']['Article']['ArticleTitle']
for j in paper['MedlineCitation']['Article']['Abstract']['AbstractText']:
txt += j+'\n'
except KeyError:
pass
寻求调试帮助的问题(“为什么这段代码不起作用?”)必须包括所需的行为、特定的问题或错误以及在问题本身中重现它所需的最短代码。没有明确问题陈述的问题对其他读者没有用处。请参阅:。您需要准确描述脚本的错误,并提供
molp5.csv
中的示例值。另外,您知道PubMed不存储全文文章,它是PubMedCentral吗?您好,我的代码正在运行,我不想调试它,我只想知道PubMedCentral是否提供一些东西来提取通过几秒钟的谷歌搜索发现的全文……这可能也很有用