python save numpy数组，仅包含非零元素

我有一个数组，其中大多数元素为零

A =  [ 1,0,2
       2,3,0
       0,0,4 ]

我想把这个保存为

rowid[0] colid[0] 1
rowid[0] colid[2] 2
rowid[1] colid[0] 2
rowid[1] colid[1] 3
rowid[2] colid[2] 4

这里rowid和colid是数组，它们将数组索引映射到原始文件中的实际条目

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我如何在不使用for循环的情况下执行此操作

有一个scipy.sparse包可以处理这样的矩阵。@hpaulj，我正在寻找一种在明文文件中以指定格式编写这样一个数组的方法，它应该可以轻松地通过

argwhere

。使用您自己的行格式。是否希望您的输出具有字符串

“rowid[0]”

等？想想看，

savetxt

可以使用更奇特的格式，例如

fmt='row[%d]col[%d]%d'

可能需要

savetxt

中的

头

值来存储数组的原始形状，这样，如果数组非常稀疏，就可以正确地重建它。并且设置

分隔符='，“

如果你想要一个合适的

*.csv

修正了一些格式，并在原始答案中添加了

分隔符=”，“

A = np.array(A).reshape(3, 3) # make A a 3x3 numpy array 
i, j = np.where(A != 0) # find indices where it is nonzero 
v = A[i, j] # extract nonzero values of the array 
np.savetxt('file.csv', np.vstack((i, j, v)).T, delimiter = ',') # stack and save 

# @Daniel F suggestion is to make header with array shape and add delimiter kwarg
np.savetxt('file.csv', np.vstack((i, j, v)).T, delimiter = ',', header = str(A.shape))